Rstudio-server的搭建

Rstudio-server可以通過Rstudio網(wǎng)頁端來遠(yuǎn)程連接Linux服務(wù)器并操作R來處理數(shù)據(jù)。

RStudio Server enables you to provide a browser based interface to a version of R running on a remote Linux server, bringing the power and productivity of the RStudio IDE to server-based deployments of R.

這段時間由于疫情，在家辦公，時間能夠自己安排；索性想將托管在學(xué)校的服務(wù)器上搭建rstudio-server，讓本來就是linux命令行界面能以圖形化界面的方式---Rstudio展開；經(jīng)過一段時間的折騰----主要是聯(lián)系學(xué)校各種老師（唯唯諾諾）以及處理各種報錯，rstudio-server總算能在“服務(wù)器IP：8787”上打開并正常運(yùn)行?，F(xiàn)主要記錄幾點(diǎn)，算是這段時間的處理筆記；

• 首先，要明白我們的實際需求：
  studio-server的使用是采用服務(wù)端IP+服務(wù)端口進(jìn)行正常訪問（在成功安裝rstudio-server的前提下），因此我們要保證在客戶端上能夠正常訪問到該IP（8787端口在rstudio-server start后會自動開啟）。

• 其次，需要明白實際處理的難點(diǎn):
  要明白一般高校為了保護(hù)學(xué)校內(nèi)數(shù)據(jù)的安全，都基本采用內(nèi)網(wǎng)的方式；因而在這個前提下，學(xué)校一般會購買專業(yè)的“網(wǎng)絡(luò)安全產(chǎn)品”充當(dāng)校內(nèi)網(wǎng)絡(luò)傳輸?shù)摹爸虚g介質(zhì)”并對內(nèi)進(jìn)行統(tǒng)一的運(yùn)維，比如綠盟的堡壘機(jī)；因此這里也需要明白“服務(wù)端---堡壘機(jī)---客戶端”三者之間的聯(lián)系。
  通俗一點(diǎn)來說就是，在沒有堡壘機(jī)的情況下，客戶端通過輸入服務(wù)器的IP（相當(dāng)于服務(wù)器的身份證號碼）+端口（相當(dāng)于訪問服務(wù)器某項服務(wù)的一個窗口）的方式就能正常訪問并運(yùn)維服務(wù)器。而出與安全的考慮，學(xué)校購買的堡壘機(jī)在兩者之間就會扮演一個“安全中間人”的角色，即服務(wù)端發(fā)送的IP經(jīng)過堡壘機(jī)之后會發(fā)生改變并發(fā)送到客戶端上，這樣就避免了一些惡意用戶通過服務(wù)器的IP對服務(wù)器進(jìn)行惡意訪問攻擊；如下圖所示：
  

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解決辦法：

這樣也就不難理解：為什么在學(xué)校服務(wù)器上成功安裝rstudio-server后卻無法在客戶端正常訪問，因為服務(wù)器端的IP+8787端口無法通過堡壘機(jī)（假設(shè)堡壘機(jī)對你的服務(wù)器只開啟了SSH運(yùn)維設(shè)備）。
既然我們的目的是讓客戶端通過一個web頁面（IP+端口）取訪Linux服務(wù)器，但這個頁面在經(jīng)過堡壘機(jī)的時候被"墻"掉了，那么問題也變得比較好解決了，在堡壘機(jī)上開啟這臺服務(wù)器的web代理，即介于客戶端和Linux服務(wù)器之間充當(dāng)?shù)囊慌_web代理服務(wù)器，有了它之后，客戶端不是直接到Linux服務(wù)器去訪問（在學(xué)校有堡壘機(jī)的情況下本身不太現(xiàn)實），而是向代理web服務(wù)器發(fā)送請求，信號會先送到代理web服務(wù)器上，并由web代理服務(wù)器取回Linux服務(wù)器運(yùn)行的結(jié)果并返回到客戶端上。而在堡壘機(jī)上開啟你這臺服務(wù)器web代理需要學(xué)校堡壘機(jī)的超級用戶，因此，這最大的難點(diǎn)就是跟學(xué)校老師溝通，講清你的需求，一般情況下老師會同意的。

柳暗花明又一“坑”

在成功開啟web代理并如愿在Borrower上訪問到Rstudio界面之后，卻發(fā)現(xiàn)有一些包比如Seurat安裝及其困難；其次無法實時可視化，圖片無法報存為PNG格式等；MD~

（成功訪問）

（plot(cars)報錯，TMD）

解決辦法：

• 1：首先是安裝Seruat包困難的問題;
  由于rstudio-server默認(rèn)會指定public下（也就是公共目錄下）R的版本，而public下的R根據(jù)我多次踩坑經(jīng)驗，安裝R包時很容易面臨著gcc編譯器等亂七八糟的問題，這我猜測可能時由于Linux系統(tǒng)版本下自帶的gcc編譯與R需要的編譯版本不匹配造成的，因此解決辦法是Conda安裝R，Conda安裝R包，并在/etc/rstudio/rserver.conf指定該conda安裝的R版本，默認(rèn)情況下，使用conda安裝R及packages的好處是會自動解決很多依賴、相關(guān)庫的問題。當(dāng)然如果你愿意去慢慢修改Linux系統(tǒng)版本下gcc編譯器，也沒問題，只是風(fēng)險比較大!
• 2：其次是報RStudioGD()錯誤的問題;
  這個問題是由于Linux下相關(guān)庫缺失造成繪圖設(shè)備不可用，網(wǎng)上找了很多帖子，比較靠譜的有這個：Linux安裝軟件報錯：version ZLIB_1.2.9 not found | showteeth's blog
  
  （成功繪圖，R包加載成功?。。?/div>

至此，折騰了好幾天的rstudio總算弄完，之前僅僅是因為個人PC跑不動單細(xì)胞的大數(shù)據(jù)，而萌生是否能在強(qiáng)悍的服務(wù)器上使用Rstudio的想法，但未想過后面真是一步一個坑，首先要明白怎么弄，然后就是不斷地溝通、不斷地排錯。對于非計算機(jī)類科班出身的人來說，大有 “我就是為了這瓶醋而特地包了份餃子” 的感覺，但確實也學(xué)到了不少~。

參考：
Download RStudio Server - RStudio
驚艷 | RStuido server選擇不同的R版本（conda中的不同R版本） - 云+社區(qū) - 騰訊云 (tencent.com)