已經(jīng)安裝過很多次Ubuntu了，每次安裝后都需要進行簡單的配置，配置完就完了，然后每次安裝又要摸索查一遍資料。這次準備安裝Ubuntu 17.04配置一個簡單的R和Python分析的平臺，用來做生物信息學一些簡單的數(shù)據(jù)處理和分析的工作。
筆記是個好東西，以后忘了可以便捷地查詢。所以還是記錄一下吧~
安裝包管理工具
sudo apt-get install aptitude
aptitude的參考命令
aptitude update #更新可用的包列表
aptitude upgrade #升級可用的包
aptitude dist-upgrade #將系統(tǒng)升級到新的發(fā)行版
aptitude install pkgname #安裝包
aptitude remove pkgname #刪除包
aptitude purge pkgname #刪除包及其配置文件
aptitude search string #搜索包
aptitude show pkgname #顯示包的詳細信息
aptitude clean #刪除下載的包文件
aptitude autoclean #僅刪除過期的包文件
使用aptitude進行系統(tǒng)更新。
aptitude upgrade
安裝R
R官方提供了Ubuntu最新版本更新方法,如下（Ubuntu17.04）：
首先要libpng的依賴問題，參考http://blog.csdn.net/tydyz/article/details/74991048下載庫文件然后安裝
wget http://kr.archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/libp/libpng/libpng12-0_1.2.54-1ubuntu1_amd64.deb
sudo dpkg -i libpng12-0_1.2.54-1ubuntu1_amd64.deb
添加R源并安裝
# copy from xuzhougeng, modify a little
# 添加Secure APT, 如果沒成功，多試幾次
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
# 添加deb到source.list
vi source.list
deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu xenial/
deb https://mirrors.ustc.edu.cn/ubuntu/ xenial-backports main restricted universe
# 更新并安裝
sudo apt-get install r-base-core
sudo apt-get install r-base
# (optional)如果要自己編譯R
sudo apt-get install r-base-dev
# 測試
which R
/usr/bin/R
主題美化
參考網(wǎng)上博文http://www.linuxidc.com/Linux/2016-09/135165.htm美化主題。
里面主題這塊的安裝感覺不太適用了，主題安裝參考了http://www.leesven.com/2381.html。安裝好之后發(fā)現(xiàn)并非如下
因為是用git克隆下來的，可能作者本身做了很多改動，反正覺得怪怪的。
然后發(fā)現(xiàn)了類似的Arc主題不錯
嘗試照著安裝不成功。
也許名字改了，抱著試一試的心理用Tab鍵補齊。
diviner-wsx@ubuntu:~$ sudo apt-get install arc-theme
成功了，感覺還不錯~
安裝teamviewer
網(wǎng)上百度下載teamviewer的Linux版本安裝
sudo dpkg -i teamviewer_12.0.71510_i386.deb
# 解決依賴問題
sudo apt -f install
配置vim
參考https://vip.biotrainee.com/d/24-vim配置vim。
安裝Anaconda
在官網(wǎng)https://www.anaconda.com/download/下載Anaconda Linux的64位版本。加執(zhí)行權限后運行安裝。
終端下使用anaconda-navigator打開Anaconda。點擊Rstudio進行安裝。這樣一般的Python和R分析平臺就弄好了。使用統(tǒng)一的平臺Anaconda來管理這兩大主流數(shù)據(jù)分析工具是非常不錯的選擇。
（之前直接用的Rstudio，然后再裝Anaconda的話感覺實現(xiàn)Python和R的交互就不是很方便，雖然現(xiàn)在沒用python，但為以后考慮下~）
后面把Jupyter換成Rstudio的布局。這樣就使用的語法不一樣，其他的都很熟悉哎~不錯不錯
安裝瑞士軍刀BEDtools
直接安裝可以使用命令
apt-get install bedtools
之前安裝過，不過版本好像不是最新的。還是直接從fork的資源里下載下來吧~
wget https://github.com/ShixiangWang/bedtools2/archive/v2.26.0.tar.gz
tar -zxvf v2.26.0.tar.gz
cd bedtools2-2.26.0/
make
sudo cp -R bin/* /usr/local/bin/
安裝Typora
# optional, but recommended
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys BA300B7755AFCFAE
# add Typora's repository
sudo add-apt-repository 'deb http://typora.io linux/'
sudo apt-get update
# install typora
sudo apt-get install typora
安裝后可能存在依賴問題，解決
sudo aptitude install libgconf-2-4
安裝git
sudo apt-get install git
可能以后需要安裝其他一些軟件，后續(xù)再添加。
