Vim 編輯器_批量檢測fastq文件質(zhì)量

在RNAseq數(shù)據(jù)處理的過程中，有的時候需要寫循環(huán)或者提交任務(wù)到服務(wù)器。這個時候vim編輯器就很好用了。

image.png

使用方式：vi + < 文件名>(后綴可以是.sh/.pbs)

vi fastqc.sh


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然后輸入i進入輸入模式

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輸入你的代碼， 比如用fastqc批量檢測fastq文件的質(zhì)量并把結(jié)果輸入到名為qc的文件夾中：

fastqc -t 2 -o ./qc/ *.fastq.gz


image.png

輸入完成后，按esc退出輸入模式，進入命令模式，然后輸入：（冒號）進入底線命令模式，這個時候在輸入wq，回車鍵就保存并退出了。

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最后運行此文件

bash fastqc.sh

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