salmon quant 有兩種類型
一種使用raw reads 另一種用已經(jīng)比對好的序列（BAM/SAM格式），這種算法依賴于salmon quant的參數(shù)
例如：提供一個(gè)-a（alignment）參數(shù)，就用比對算法，否則就會用raw reads 算法進(jìn)行計(jì)數(shù)

比對模型用參數(shù) salmon quant --help-reads
dual-phase，基于mapping評估rna-seq中轉(zhuǎn)錄本的豐富程度。
salmon quant 參數(shù)：
mapping input 參數(shù)

-l #arg  字符串類型描述文庫類型
-i #arg salmon index(索引)
-r #arg  文件中包括不匹配的序列（如：單端測序序列）
-1 #arg  文件中包含#1匹配
-2 #arg  文件中包含#2匹配

基本參數(shù)

-v #輸入字符串版本
-h #調(diào)用幫助文檔
-o #arg  輸出質(zhì)量文檔
--seqBias #序列特異性偏好矯正
--gcBias #（單端序列）進(jìn)行GC偏好性矯正
-p #arg （=4）同時(shí)使用線程數(shù)
--incompatPrior #arg (=0)  比對與指定文庫類型不相符，由真正的片段產(chǎn)生。0表示比對中與庫類型不一致為“不可能”，1表示不一致>=比對

--geneMap #arg  文件將轉(zhuǎn)錄組比對到基因上。如果有這個(gè)文件，salmon輸出quant.sf 和quant.genes.sf兩個(gè)文件，后一個(gè)文件中包括 基因水平富集預(yù)測。轉(zhuǎn)錄組到基因比對需要提供GTF文檔或一個(gè)以制表符分割的格式每行包含一個(gè)轉(zhuǎn)錄本和基因的名字，名字也要用tab鍵分割。文件的擴(kuò)展名可以是“gtf”“gff”或“gff3”，都以GTF格式處理；以其他任何擴(kuò)展名都認(rèn)為是simple format。"transcript_id" 包括transcript identifier，"gene_id" 為對應(yīng)的gene identifier.
--meta #用于宏基因組數(shù)據(jù)（metagenomic），可以去除對宏基因組數(shù)據(jù)不重要的富集評估。

salmon建立索引
salmon index --help
命令行參數(shù)：

-v #[--version] 顯示版本信息
-h #[--help] 幫助信息文檔
-t #[--transcripts] arg 轉(zhuǎn)錄本fasta 文件
-k #[--kmerLen] arg (=31) k-mers長度設(shè)置
-i #[--index] arg salmon的索引
--gencode  #輸入轉(zhuǎn)錄本fasta為GENCODE格式，在第一個(gè)‘|’字符處將轉(zhuǎn)錄本名分開。這個(gè)命名將用來準(zhǔn)備輸出文件，在基因-轉(zhuǎn)錄本GTF文件中查找這些轉(zhuǎn)錄本。
--keepDuplicates #默認(rèn)設(shè)置中去除冗余的序列一致性轉(zhuǎn)錄本，該參數(shù)保留輸入文件中的冗余轉(zhuǎn)錄本病單獨(dú)計(jì)數(shù)。
-p #(--thread) arg (=2) 線程數(shù)(僅用于計(jì)算偏好性特征， computing bias features)
--perfectHash #[quasi index only] 建立索引時(shí)用完美哈希(perfect hash)而非密集哈希(dense hash)，尤其是在計(jì)數(shù)時(shí)所占的內(nèi)存小，但所需時(shí)間較長。
--type #arg (=quasi) 要構(gòu)建索引的類型，此版本的salmon中參數(shù)唯一，為“quasi”