在MethHC數(shù)據(jù)庫(kù)中，提供了18種癌癥相關(guān)的DNA甲基化，microRNA表達(dá)譜和基因表達(dá)譜的數(shù)據(jù)，這里的數(shù)據(jù)來(lái)源于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)。同時(shí)采用線性回歸的方法計(jì)算甲基化和表達(dá)譜數(shù)據(jù)之間的關(guān)聯(lián)。
整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)包含的數(shù)據(jù)匯總?cè)缦拢?/p>
相比其他的甲基化數(shù)據(jù)庫(kù)，Meth有以下兩個(gè)特點(diǎn)：
數(shù)據(jù)來(lái)源于TCGA,同時(shí)包含了甲基化和基因表達(dá)譜以及microRNA表達(dá)譜的數(shù)據(jù)；
將基因劃分為8個(gè)區(qū)域，甲基化位點(diǎn)劃分為5個(gè)區(qū)域,針對(duì)單個(gè)區(qū)域計(jì)算甲基化和表達(dá)譜數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性
基因和甲基化區(qū)域的劃分方式如下所示：
和其他數(shù)據(jù)庫(kù)比較的結(jié)果
在Browse Top 250中，以單個(gè)基因?yàn)閱挝?，查看該基因在癌癥中的甲基化情況和表達(dá)量的情況
對(duì)于甲基化數(shù)據(jù)，其表達(dá)量采用beta值來(lái)衡量；對(duì)于基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)，定量方式為RPKM;對(duì)于microRNA的表達(dá)譜，采用RPM定量方式；通過(guò)泊松相關(guān)系數(shù)計(jì)算甲基化數(shù)據(jù)和表達(dá)譜數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性。
以SPDYE1為例，給出所有基因區(qū)域和甲基化區(qū)域的結(jié)果
對(duì)于每個(gè)區(qū)域，會(huì)給出以下三個(gè)結(jié)果
甲基化數(shù)據(jù)和表達(dá)譜數(shù)據(jù)表達(dá)量的相關(guān)性分析
甲基化數(shù)據(jù)和表達(dá)譜數(shù)據(jù)差異倍數(shù)的相關(guān)性分析
TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中記錄的基因的甲基化和RNA_seq 數(shù)據(jù)詳細(xì)情況
MethHC還提供了基因檢索Gene Search的功能，可以按照兩種方式進(jìn)行篩選
基因列表
KEGG通路
通過(guò)MethHC數(shù)據(jù)庫(kù)，我們可以查看基因已有的甲基化和表達(dá)譜研究結(jié)果，也可以根據(jù)癌癥類(lèi)型，查看研究的較多的熱點(diǎn)基因。
