這是一篇讀書筆記。原帖地址 生信技能樹：腫瘤研究領(lǐng)域必須知道的詞
好多剛接觸腫瘤研究的小伙伴們傻傻的分不清楚cfDNA和ctDNA，搞不明白什么是SNP和SNV，不知道什么是融合基因和易感基因。不怕不怕，今天小編匯總了一些腫瘤研究領(lǐng)域的常見詞匯。有了這篇腫瘤詞匯大全，看文獻(xiàn)搞科研妥妥的~
- cfDNA (cell free DNA)
即血液中游離的自身DNA，這類DNA多是從身體的細(xì)胞或者白細(xì)胞破裂釋放出來的，這基本都是無害的，會被自身清理掉。
- ctDNA (circulating tumor DNA)
即循環(huán)腫瘤DNA，是一種來自腫瘤細(xì)胞的游離DNA，存在于血液、滑膜液和腦脊液等體液中。
- CTCs (circulating tumor cells)
即循環(huán)腫瘤細(xì)胞，是從原發(fā)腫瘤或轉(zhuǎn)移形成的新腫瘤上掉落，并且進(jìn)入到患者的外周血循環(huán)系統(tǒng)中的惡性腫瘤細(xì)胞。
- 體細(xì)胞突變 (somatic mutation)
是指除生殖細(xì)胞外的體細(xì)胞所發(fā)生的變異，如發(fā)生在器官和組織的變異。這些變異是腫瘤樣品所特有的，其并不來源于父母，也不會傳遞給后代，往往跟腫瘤的發(fā)生和發(fā)展有著密切關(guān)系，是腫瘤研究中的重點，對于揭示腫瘤發(fā)生發(fā)展機(jī)制有著重要作用。
- 生殖細(xì)胞突變
是指來源于精子或卵子的細(xì)胞的突變，會傳遞給后代。
- SNP (single nucleotide polymorphism)
即單核苷酸多態(tài)性，是指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的 DNA序列多態(tài)性 。
- SNV (single nucleotide variation)
SNV是基因組上單個堿基發(fā)生改變的位點，在基因組上廣泛分布。
SNP是指在一個物種中如果該單堿基變異的頻率達(dá)到一定水平，而SNV是頻率未知（比如僅僅在一個個體中發(fā)現(xiàn)）。
- InDel (insertion or a deletion)
InDel是基因組上小片段（＜50bp）的插入或缺失突變。
- SV(structure variation)
SV即染色體結(jié)構(gòu)變異，是基因組變異的重要組成，其主要突變類型有：插入、缺失、倒位等。區(qū)別于InDel的插入、缺失突變形式，SV片段更長，是在染色體層面上的變異。
- CNV (copy number variant)
CNV即拷貝數(shù)目變異，也稱拷貝數(shù)目多態(tài)性 (CNP)，是指與參考序列相比，基因組中1 Kb至幾Mb的DNA片段的變異，包括插入、缺失、擴(kuò)增及其相互組合衍生出的復(fù)雜染色體結(jié)構(gòu)變異。CNV在很多物種的基因組中均存在，且分布廣泛。
- LOH (loss of heterozygosity)
LOH是一個染色體事件，能夠引起整個基因及其附近的染色體區(qū)域的丟失。如果父本和母本的基因組存在SNPs，那么子代的兩個等位基因（一個來源于父本，一個來源于母本）就存在這些SNPs的區(qū)域，那么這些區(qū)域就是雜合的（heterozygous）。然而，如果包含這樣區(qū)域的其中一個親本的基因拷貝丟失，就會導(dǎo)致這個區(qū)域只有一個拷貝，因此這個區(qū)域就丟失了雜合性，即LOH。簡而言之，就是某個來源于父本或母本的基因拷貝如果丟失，那么使得具有SNP的區(qū)域無法表現(xiàn)出雜合的狀態(tài)。
- 融合基因
是指兩個基因的全部或一部分序列相互融合為一個新的基因的過程，是染色體易位、中間缺失或染色體倒置所致的結(jié)果，通常具有致瘤性，在各種不同的腫瘤中普遍存在?；蛉诤鲜悄[瘤的普遍特征，可促進(jìn)腫瘤的發(fā)生和發(fā)展，并可作為腫瘤的分子診斷和治療靶標(biāo)。
- 易感基因
易感基因(Predisposing gene)，在適宜的環(huán)境刺激下能夠編碼遺傳性疾病或獲得疾病易感性的基因。
- 驅(qū)動基因
腫瘤的發(fā)生發(fā)展是一個復(fù)雜的生物學(xué)過程，是許多突變基因共同作用的結(jié)果。其中有些基因起到主要的作用，主導(dǎo)了腫瘤的發(fā)生，有利于腫瘤的生長擴(kuò)散，稱之為驅(qū)動基因。驅(qū)動基因的檢測有利于我們了解腫瘤形成發(fā)展的分子機(jī)理，為個體化用藥治療提供重要依據(jù)。
- SMG (significantly mutated genes)
SMG即高頻突變基因，是指突變頻率顯著高于背景突變頻率（Background mutationrate，BMR）的基因，對腫瘤的發(fā)生和發(fā)展具有重要作用，在分析的過程中會綜合考慮體細(xì)胞SNP/InDel的突變情況。
- 高頻突變基因互斥和協(xié)同性分析
腫瘤的發(fā)生是多種不同功能基因協(xié)同突變作用的結(jié)果。雖然基因突變的發(fā)生具有很強(qiáng)的隨機(jī)性，但經(jīng)過克隆進(jìn)化后最終發(fā)生腫瘤時，保留下來的突變基因組合應(yīng)具有一定的協(xié)同作用。同時，在不同亞克隆的特異突變基因具有一定的互斥作用。通過突變基因互斥和協(xié)同性分析，我們可以分辨出協(xié)同性的突變基因及互斥性的突變基因?；虻膮f(xié)同互斥性分析能夠幫助識別腫瘤亞克隆特異性的突變基因，還可以幫助定義腫瘤亞型，并且能夠揭示相似腫瘤產(chǎn)生的重要功能性體細(xì)胞突變，為定位驅(qū)動基因提供重要參考。
- 腫瘤純度和倍性分析
腫瘤樣本中癌細(xì)胞總是混合一定未知比例的正常細(xì)胞，我們稱腫瘤樣本中癌細(xì)胞所占的比例為腫瘤純度（Tumor purity），稱由染色體結(jié)構(gòu)和數(shù)目異常導(dǎo)致的腫瘤樣本中癌細(xì)胞的真正含量為倍性（Tumor ploidy）。估計腫瘤的純度和倍性有利于癌癥基因組進(jìn)化和腫瘤內(nèi)的異質(zhì)性研究。
Note:
The ploidy of cancer cells refers to the amount of DNA they contain.
If there's a normal amount of DNA in the cells, they are said to bediploid. These cancers tend to grow and spread more slowly.
If the amount of DNA is abnormal, then the cells are calledaneuploid. These cancers tend to be more aggressive.
Tests of ploidy may help figure out long-term outcomes
- 腫瘤異質(zhì)性/克隆結(jié)構(gòu)分析
腫瘤異質(zhì)性是指腫瘤組織內(nèi)部不同的腫瘤細(xì)胞或者亞群中體細(xì)胞突變不完全相同，而克隆結(jié)構(gòu)分析有利于揭示腫瘤組織的異質(zhì)性。腫瘤異質(zhì)性和克隆結(jié)構(gòu)與腫瘤的發(fā)展、進(jìn)化、侵襲轉(zhuǎn)移、復(fù)發(fā)預(yù)后以及藥物反應(yīng)等密切相關(guān)。因此，從高通量測序數(shù)據(jù)中破譯腫瘤組織細(xì)胞中存在的有作用的驅(qū)動突變有利于未來的腫瘤藥物研發(fā)和精準(zhǔn)治療。
