文獻(xiàn)信息：
標(biāo)題：NetCoMi: Network Construction and Comparison for Microbiome Data in R
中文：R NetCoMi利用微生物組數(shù)據(jù)構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)和比較
時間：2020.7
摘要：
從高通量測序數(shù)據(jù)中估算微生物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)是一種常見的探索性數(shù)據(jù)分析方法，旨在了解微生物群落在其自然棲息地的復(fù)雜相互作用。統(tǒng)計網(wǎng)絡(luò)估計工作流程包括幾個分析步驟，包括零處理、數(shù)據(jù)規(guī)范化和計算微生物關(guān)聯(lián)的方法。由于微生物的相互作用可能會在不同的條件下發(fā)生變化，例如在健康個體和患者之間，識別組之間的網(wǎng)絡(luò)差異通常是一個完整的二次分析步驟。然而，到目前為止，還沒有一種統(tǒng)一的計算工具可以促進(jìn)從高通量測序數(shù)據(jù)構(gòu)建、分析和比較微生物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)的整個分析工作流程。
在這里，我們介紹了NetCoMi(微生物組數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和比較)，這是一個R包，在一個單一的可重復(fù)計算工作流中集成了每個分析步驟的現(xiàn)有方法。該軟件包提供了構(gòu)建和分析單一微生物關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)以及量化網(wǎng)絡(luò)差異的功能。這使我們能夠洞見單個類群、類群群或群之間的整體網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)是否發(fā)生變化。NetCoMi還包含了構(gòu)建差異網(wǎng)絡(luò)的功能，從而可以評估單個對類群在兩個類群之間是否存在差異關(guān)聯(lián)。此外，NetCoMi促進(jìn)了微生物組樣本的不同網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和分析，使整個微生物組樣本收集的異質(zhì)性的高水平圖形總結(jié)成為可能。我們使用加布里埃拉研究的數(shù)據(jù)集來比較來自兩個研究中心(烏爾姆和慕尼黑)兒童房間塵埃沉降中的微生物聯(lián)系，說明NetCoMi的廣泛適用性。
Github：https://github.com/stefpeschel/NetCoMi
1 構(gòu)建、分析和比較微生物相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)的工作流程
2 NetCoMi中可利用構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)的方法，依賴相關(guān)性測量
3 NetCoMi的主要功能
4 zero處理
5 標(biāo)準(zhǔn)化方法
6 相關(guān)計算方法
7 local global 網(wǎng)絡(luò)參數(shù)
8 確定association是否顯著差異的方法
9 舉例：細(xì)菌相關(guān)網(wǎng)絡(luò)
10 舉例：兩組數(shù)據(jù)相關(guān)網(wǎng)絡(luò)比較
更多：
【R】微生物網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建簡單方法匯總
GITHUB: https://github.com/stefpeschel/NetCoMi
NetCoMi | 微生物組數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡(luò)比較
