2022-10-04---SPADS安裝

1.spades安裝

tar zvxf /disk1/shares/SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz -C ~/Biosofts/ #將壓縮包解壓到Biosofts目錄中去

查看

cd Biosofts #進(jìn)入此目錄

已進(jìn)入

cd SPAdes-3.12.0-Linux/ #進(jìn)入此目錄

cd bin #進(jìn)入bin文件夾

進(jìn)入

./spades.py -h #進(jìn)入查看

開始

pwd? #查看當(dāng)前所在的絕對(duì)路徑

查看

echo 'export PATH=~/Biosofts/SPAdes-3.12.0-Linux/bin:$PATH' >> ~/.bashrc #改變環(huán)境變量

可

source ~/.bashrc #使改變后的環(huán)境變量生效

可

cd ~? #進(jìn)入用戶在該系統(tǒng)的home目錄

ll #是ls-l的別名，顯示當(dāng)前目錄下文件詳細(xì)信息

spades.py -h #查看

2.spades組裝基因組

spades.py --careful --pe1-1 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz --pe1-2 /disk1/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -o ./SPAdesout


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