一些雜志的reference需要使用引文期刊全稱，而非簡寫。在此，寫一個(gè)程序批量獲取這些信息。

library(httr)
library(XML)

#endnote中各引文的PMID可以通過設(shè)置自定義output style獲?。涸O(shè)置只輸出PMID的output style，然后選中引文，選擇File->export->選擇自定義的output style，導(dǎo)出即可
test<-c(14206420,
        1269826,
        6893401,
        8600391,
        8600390,
        9704408)
journal_info<-data.frame()
for(i in test){
  
  pmid <- i
  url <- paste0("https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&retmode=xml&id=", pmid, "&rettype=medline")
  
  # 發(fā)送請(qǐng)求
  response <- GET(url)
  
  # 解析XML數(shù)據(jù)
  doc <- xmlTreeParse(rawToChar(response$content), useInternal = TRUE)
  
  # 尋找期刊全稱和縮寫
  journal_titles <- xpathSApply(doc, "http://Journal/Title", xmlValue)
  journal_abb<-xpathSApply(doc, "http://Journal/ISOAbbreviation", xmlValue)
  # 打印期刊全稱
  if (length(journal_titles) > 0) {
    cat("期刊全稱:", journal_titles[1], "\n")
  } else {
    cat("未找到期刊全稱\n")
  }
  
  journal_info_sub<-data.frame(title=journal_titles,abb=journal_abb)
  journal_info<-rbind(journal_info,journal_info_sub)
}

view(journal_info)

輸出如下圖：

image.png

最后保存的journal_info對(duì)象的內(nèi)容：

image.png

另附一份在endnotes中設(shè)置output style為期刊全稱的教程：https://zhuanlan.zhihu.com/p/348893991