之前使用IGV查看ChIP-seq結(jié)果的時(shí)候，一般就是只看某一個(gè)基因附近的peaks，或者同時(shí)打開好幾個(gè)IGV界面(sessions)查看多個(gè)基因。從來(lái)沒有幾個(gè)基因一起查看過(guò)，今天偶然發(fā)現(xiàn)了一個(gè)小trick，可以在同一個(gè)界面里顯示多個(gè)基因（或區(qū)域）附近的peaks。

兩種方法：

（一）查看基因附近的peaks

打開IGV，導(dǎo)入你的數(shù)據(jù)，這里我用tdf格式的文件作為例子：

導(dǎo)入數(shù)據(jù)后，這是整個(gè)基因組的情況，當(dāng)然你需要按照自己的需求調(diào)整格式以及scale

比如我這里想看p53, Sox9和klf4這3個(gè)基因附近的peaks, 在搜索框里輸入多個(gè)基因名稱，然后點(diǎn)擊“Go”，之后就會(huì)出現(xiàn)下面這種展示方式，你會(huì)發(fā)現(xiàn)當(dāng)前的界面被分成了3個(gè)部分，這樣當(dāng)你需要同時(shí)查看多個(gè)基因的時(shí)候，更方便你比較peak在不同樣品、不同基因之間的差異：

image.png

（二）查看gene body以外的基因組區(qū)域

還有一種情況，你想查看的基因組區(qū)域在兩個(gè)基因之間，比如enhancers。點(diǎn)擊IGV最上方的菜單欄里的“Regions”，選擇“my lists”：

先點(diǎn)擊“my list”，然后在點(diǎn)擊“New”

然后彈出下面這個(gè)窗口：

點(diǎn)擊OK后，會(huì)返回之前的窗口，這時(shí)右面會(huì)顯示你剛才輸入的區(qū)域：

點(diǎn)擊View，就可以愉快的查看多個(gè)區(qū)域的peaks了~