注冊并登錄生物數(shù)據(jù)遞交系統(tǒng)（BIG Sub, https://bigd.big.ac.cn/gsub/）

GSA的數(shù)據(jù)模型

為確保與國際同類數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)的兼容性，GSA遵循INSDC聯(lián)盟的數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)，GSA元數(shù)據(jù)類別主要包括項(xiàng)目信息（BioProject，歸檔于生物項(xiàng)目數(shù)據(jù)庫）、樣本信息（BioSample，歸檔于生物樣本數(shù)據(jù)庫）、實(shí)驗(yàn)信息（Experiment）、以及測序反應(yīng)（Run）信息。項(xiàng)目信息是用來描述所開展研究的目的、涉及物種、數(shù)據(jù)類型、研究思路等信息；樣本信息是指本研究涉及的生物樣本描述，如樣本類型、樣本屬性等；實(shí)驗(yàn)信息包括實(shí)驗(yàn)?zāi)康?、文庫?gòu)建方式、測序類型等信息；測序反應(yīng)信息包括測序文件和對應(yīng)的校驗(yàn)信息。各類數(shù)據(jù)之間采用線性、一對多的模式進(jìn)行關(guān)聯(lián)，從而形成“金字塔”式的信息組織與管理模式（圖1）。

主要分為三個部分

1.創(chuàng)建項(xiàng)目（BioProject）；
2.創(chuàng)建樣本（BioSample）；
3.創(chuàng)建GSA數(shù)據(jù)集；

1. 創(chuàng)建項(xiàng)目（BioProject）

如果您之前沒有創(chuàng)建項(xiàng)目（BioProject）請進(jìn)入 BioProject 數(shù)據(jù)庫完成創(chuàng)建：
BioProject的構(gòu)建分為五個步驟。

• 第一個是提交者信息，這里一般不需要修改，直接點(diǎn)擊保存即可。
• 第二個是基本信息：我們需要指定發(fā)布的日期，這里選擇日期，不同于NCBI的是在我們公開的日期之前，數(shù)據(jù)可以隨時修改時間。
• 第三個是項(xiàng)目類型：按自己數(shù)據(jù)類型填寫就好。
• 第四個出版信息：空著就可以
• 第五個就是概況信息：預(yù)覽，檢查前面幾個填寫的內(nèi)容，如果發(fā)現(xiàn)前面有內(nèi)容不對，直接點(diǎn)擊這五個模塊中的任何一個都可以轉(zhuǎn)到該模塊進(jìn)行更正。

2. 創(chuàng)建樣本（BioSample）

詳細(xì)說明文件：https://bigd.big.ac.cn/gsub/document/BioSample-BioSample_Submission_Guide_2.2.cn.pdf

如果您之前沒有創(chuàng)建樣本（BioSample）請進(jìn)入 BioSample 數(shù)據(jù)庫完成創(chuàng)建：

• 第一步都一樣，是確認(rèn)提交者信息，一般不做修改：
• 第二步 選擇時間和項(xiàng)目同一個試時間即可，輸入項(xiàng)目號，注意項(xiàng)目號就是上面我們填寫完成后生成的。
• 第三步：填寫樣本類型
• 第四步: 填寫樣本文件
• 第五步: 查看我們填寫的信息。

3. 構(gòu)建GSA數(shù)據(jù)集

完成 GSA數(shù)據(jù)集中Experiment和Run的元數(shù)據(jù)信息錄入——實(shí)現(xiàn)與BioProject、BioSample和數(shù)據(jù)文件的相互關(guān)聯(lián)。通過FTP完成數(shù)據(jù)文件上傳。

• 第一步： 點(diǎn)擊GSA按照圖中順序進(jìn)行點(diǎn)擊，第一個提交者信息和前面兩個都是一樣的，所以只需要保存就好。
• 第二步：填寫一個xlsx,包含兩個sheets，包括一些數(shù)據(jù)的基本信息，填好上傳即可，注意數(shù)據(jù)只能提交壓縮格式。基本信息的填寫說明：https://bigd.big.ac.cn/gsub/document/batch/gsa/GSA_batch_submit_template_help_document.cn.pdf

• 第三步：上傳數(shù)據(jù)，這里我選擇用Aspera命令行上傳

ascp -P 33001 -i /your/path/key/aspsub_rsa -QT -l100m -k1 -d /your/data/path/fastqs aspsub@submit.big.ac.cn:uploads/z0000@gmail.com_f9ff019d

• 第四步：查看是否正確

• 第五步：上傳結(jié)果修改和追蹤
  可以參考：https://bigd.big.ac.cn/gsa/document/GSA-GSA_Submission_Guide_2.2.cn.pdf

  通常狀況下，數(shù)據(jù)信息與文件審核歸檔約需要 1-2 天，歸檔成功后會收到通知郵件，并可在 GSA 列表中查找的分配的 GSA 編號。

參考：
http://blog.sciencenet.cn/blog-3334560-1218399.html
https://bigd.big.ac.cn/gsa/documents