2019APT(152)-001 三十年的核酸適配體篩選方法綜述

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【推薦語】我特地查了一下負責作者，至少有18篇aptamer相關的文章，還寫過一本書。這篇綜述還是非常全面的，值得所有做篩選的朋友閱讀。

一、內(nèi)容簡介：

這是一篇介紹自1990年以來核酸適配體篩選技術的綜述。從篩選的重要環(huán)節(jié)入手，介紹每個關鍵環(huán)節(jié)前人的探索。內(nèi)容框架如下

1 ?介紹?總體介紹了適配體篩選技術的發(fā)展歷史。重要的是明確指出當前核酸適配體領域的面臨的問題，依然是篩選效率低下的問題。這與我們之前會議期間得出的結論，以及我個人的觀點一致。篩選技術只有當成本降低到一定閾值一下，成功概率提升，以及不確定性降低時，才可能迎來爆發(fā)式發(fā)展。

2 。SELEX庫設計?介紹了使用RNA還是DNA文庫，文獻來看，目前多用DNA文庫。早期多用RNA文庫。DNA文庫具有便宜、易操作、更穩(wěn)定等優(yōu)勢。也有不足之處，不變在細胞內(nèi)表達。

引物區(qū)會參與折疊，所以，有些aptamer把引物區(qū)去掉就會完全喪失活性?！驹u論】不過我們設計的閉環(huán)文庫多數(shù)可以直接去掉引物區(qū)而不影響結合。

隨機長度的問題30-50。

還有一些引物G4結構，擴展的堿基來增加庫容和篩選的成功率。

通過計算來進行篩選。【2019年另一片文獻50是純計算篩選】

文章花了比較大的篇幅介紹文庫設計、修飾堿基，引物設計等。

簡言之：成功篩選過的文庫，可以直接參考，適合PCR的引物都可以。

3 。靶標準備及其對結合/未結合序列分離的重要性

絕大多數(shù)的餓篩選方法都是以分離技術命名的。所以，這部分其實主要是介紹篩選方法的。講到了很多分離方法，從早期的膜分離方法，到后來的電泳，毛細管電泳，微流控技術。不同的洗脫條件，固定文庫篩選技術，流式篩選技術，cell-SELEX等。

4 。PCR反應和PCR偏差

PCR引起的偏差是導致失敗的重要原因之一。一句話總結這部分就是 建議使用乳濁液PCR。國內(nèi)有專門的試劑盒提供，可以大大提升篩選成功率。https://www.aptamy.com/productinfo/506005.html

5 。ssDNA制備的四種常用技術

四種方法分別是SA-磁珠法、不對稱PCR、lambda核酸外切酶降解法、以及長短鏈法等。原作者的評述我覺得不是特靠譜，可能有些他們并沒有做過。我個人的觀點是：長短鏈法的質(zhì)量最可靠，SA磁珠法最方便，lambda核酸酶法最經(jīng)濟，不對稱PCR法最不靠譜。

6 。通過Post SELEX修飾增強適體的藥物樣特性

后修飾和篩選過程中就修飾如何選擇？ 篩選過程中就用修飾堿基看起來最好，但會面臨PCR等一系列問題。

7 。結論

沒有任何一種方法可以適合所有的靶標。目前篩選依然需要繼續(xù)探索和改進。

二、關鍵詞：綜述 篩選方法 ?文庫設計 單鏈制備

三、文獻信息：

1????Wang,?T.,?Chen,?C.,?Larcher,?L.?M.,?Barrero,?R.?A.?&?Veedu,?R.?N.?Three?decades?of?nucleic?acid?aptamer?technologies:?Lessons?learned,?progress?and?opportunities?on?aptamer?development.Biotechnol?Adv37,?28-50,?doi:10.1016/j.biotechadv.2018.11.001?(2019).

四、原文鏈接

https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0734-9750(18)30177-0

【討論】

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羅昭鋒

希望能為適配體領域的發(fā)展盡一份力！