官方文檔：https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/
使用場(chǎng)景：搭建生信分析流程，可重復(fù)性使用，支持分析中斷繼續(xù)分析的功能。
安裝：推薦使用conda安裝。
先安裝conda，然后使用conda安裝mamba軟件

$ conda install -n base -c conda-forge mamba

激活base環(huán)境，使用mamba安裝snakemake

$ conda activate base
$ mamba create -c conda-forge -c bioconda -n snakemake snakemake

激活snakemake環(huán)境，測(cè)試是否安裝成功

$ conda activate snakemake
$ snakemake —help

怎么用？

需要先了解snakemake的語法結(jié)構(gòu)

rule map_reads:
    input:
        "data/genome.fa",
        "data/samples/A.fastq"
    output:
        "results/mapped/A.bam"
    shell:
        "bwa mem {input} | samtools view -b - > {output}"

主要需要三部分：input，output和run（執(zhí)行shell命令時(shí)用shell），在run部分可以編寫python代碼