昨天忙著做實驗，沒時間鼓搗數(shù)據(jù)，今天也得做實驗，不過在試驗開始之前還是先整理一下吧：

首先是安裝R包

嘗試本地運行后發(fā)現(xiàn)，報錯：

本地內(nèi)存太小，程序無法運行。

到集群上運行，使用大神的R軟件，修改.bashrc，添加R軟件的調(diào)用路徑。

export PATH=/public/home/liuxiaofeng/miniconda3/envs/R.4/bin:$PATH

export R_LIBS=/public/home/liuxiaofeng/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library/4.0

啟動R軟件，運行如下腳本：

library(org.Hs.eg.db)

swiss_id <- read.delim('/vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/GO/swiss_go.sae1',header = F)

colnames(swiss_id) <- c('gene_id','GO')

ev_id <- select(org.Hs.eg.db,keys = as.vector(swiss_id$GO),columns = c('EVIDENCE'),keytype = "GO")

library(dplyr)

swiss_goev <- left_join(swiss_id,ev_id[,1:2])

write.csv(swiss_goev,'/vol3/agis/zhoushaoqun_group/wangyantao/GO/swiss_goev_sea.csv',row.names = F,quote = F)

生成的結(jié)果文件竟然足足有28.7個GB，額度個娘嘞。

內(nèi)存太小了，根本跑不起來。。。

繼續(xù)搞其他的：