大家好，今天要和大家分享的是2020年12月份發(fā)表的一篇文章：“Genomicinvestigation of co-targeting tumor immune microenvironment and immunecheckpoints in pan-cancer immunotherapy”；
發(fā)表雜志：NPJ Precision Oncology
影響因子：7.717 中科院分區(qū)2區(qū)
研究背景：
靶向免疫檢查點(diǎn)（ICPs）的藥物已漸成為癌癥免疫療法的武器，但是，僅對(duì)一小部分患者有益。越來(lái)越多的證據(jù)表明，腫瘤免疫微環(huán)境（TIME）在抗癌免疫中起著至關(guān)重要的作用。
這項(xiàng)研究旨在評(píng)估聯(lián)合靶向免疫檢查點(diǎn)（ICP）和腫瘤免疫微環(huán)境（TIME）在癌癥免疫治療中的潛在優(yōu)勢(shì)和可行性。利用TCGA中31種癌癥數(shù)據(jù)集，對(duì)ICP和TIME進(jìn)行生信分析。作者充分利用網(wǎng)頁(yè)工具：GEPIA用于分析預(yù)后，STRING用于蛋白互作分析，cBioPortal用于突變分析，TISIDB用于探討與腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞（TILs）的相關(guān)性。通過(guò)分析發(fā)現(xiàn)：與ICP相比，TIME在多種癌癥類(lèi)型中具有更全面的覆蓋范圍和預(yù)后意義，因此在臨床治療中具有更廣泛的靶向性。最后，作者討論了聯(lián)合ICP抑制劑和TIME因子靶向治療的臨床意義和臨床轉(zhuǎn)化潛力。
分析流程：
結(jié)果部分：
1.各癌種中ICPs表達(dá)分析表明：大多數(shù)惡性腫瘤ICPs的表達(dá)水平顯著失調(diào)；
2.各癌種中ICPs表達(dá)對(duì)生存影響；
生存分析表明ICPs的表達(dá)水平與OS、PFS顯著相關(guān)。根據(jù)差異表達(dá)和生存分析的結(jié)果，惡性腫瘤可分為三大類(lèi)：（1）未發(fā)現(xiàn)ICP明顯失調(diào)；（2）發(fā)現(xiàn)ICPs明顯失調(diào)，但不影響預(yù)后；（3）發(fā)現(xiàn)ICPs失調(diào)并嚴(yán)重影響預(yù)后。
3.各癌種中TIME相關(guān)分子的表達(dá)分析顯示：多數(shù)惡性腫瘤中的TIME因子顯著失調(diào)；
4.各癌種中分析TIME相關(guān)分子對(duì)預(yù)后影響；
結(jié)果顯示：TIME的表達(dá)水平與OS、PFS顯著相關(guān)。根據(jù)差異表達(dá)和生存分析顯示，惡性腫瘤可分為三大類(lèi)：（1）TIME因子失調(diào)并對(duì)預(yù)后有重大影響，這表明針對(duì)TIME調(diào)節(jié)劑的藥物是其潛在的治療靶標(biāo)；（2）TIME失調(diào)但不影響預(yù)后，表明TIME對(duì)此類(lèi)癌癥的影響可能很小，因此可能不適合作為此類(lèi)癌癥的靶標(biāo)。（3）TIME沒(méi)有明顯失調(diào)，表明這三種類(lèi)型的癌癥可能與TIME無(wú)關(guān)。
5.ICP與TIME之間的相互作用分析；
利用STRING網(wǎng)站分析顯示：ICP與TIME因子之間具有強(qiáng)烈的蛋白質(zhì)相互作用。
6.胰腺癌中ICPs和TIME因子間基因突變的相關(guān)性分析；
由于胰腺癌中幾乎所有ICP和TIME因子均被上調(diào)，因此作者選擇胰腺腺癌進(jìn)一步詳細(xì)研究。利用cBioPortal分析胰腺癌中ICPs和TIME因子的基因組突變，結(jié)果顯示：TIME因子的突變與ICPs突變普遍共存。
7.ICP和TIME因子在胰腺癌中突變相關(guān)生存分析；
生存分析顯示：TIME因子和ICPs的基因組改變對(duì)于胰腺癌患者的預(yù)后非常不利。
8.胰腺癌中ICP，TIME，免疫原性細(xì)胞死亡（ICD）和效應(yīng)T細(xì)胞之間的相關(guān)性分析；
越來(lái)越多的證據(jù)表明免疫原性細(xì)胞死亡（ICD），對(duì)免疫系統(tǒng)具有激活誘導(dǎo)作用。作者通過(guò)GEPIA在胰腺癌中進(jìn)一步研究了ICD，TIME，ICPs和效應(yīng)T細(xì)胞信號(hào)之間的相關(guān)性，結(jié)果顯示四者顯著正相關(guān)。
9.多癌種中ICD相關(guān)分子和TIL之間的相關(guān)性分析顯示：TIL與多種代表性的ICD分子顯著相關(guān)；
全文結(jié)束
