建文帝逐步消除了他五個(gè)叔叔的親王封號，燕王朱棣眼看就要輪到自己了，就在建文帝元年的七月，把守邊塞的燕王朱棣采取了先發(fā)制人的手段，首先起兵反抗朝廷。
燕王起兵后，為了說明自己的行為是正義的，就說朝中無正臣，內(nèi)有奸逆，指責(zé)齊泰、黃子澄為奸臣，罵他們變亂了祖宗的法制，從而舉兵誅伐他們，來清理皇帝身邊的奸佞壞人。
燕王首先是以一種旋風(fēng)般的速度，在不到一個(gè)月的時(shí)間內(nèi)，就攻克了北平(北京)北邊的居庸關(guān)、懷來和東邊的薊州、遵化等許多州縣，這樣做是為了排除后顧之憂，從而又可補(bǔ)充兵力，然后再集中全力來對付朝廷的問罪之師。
當(dāng)燕王起兵的時(shí)候，那些曾跟朱元璋打天下，能征慣戰(zhàn)的元?jiǎng)姿迣冊缫驯恢煸皻⒌貌畈欢嗔耍掖嫦聛淼囊咽橇热舫啃?，長興侯耿炳文就是其中的一個(gè)，但這時(shí)他也年近古稀。建文帝派來派去也派不出其他人，只好命他為大將軍，率兵征討。兵眾號稱30萬，實(shí)際只先調(diào)集13萬，開到河北滹沱河那個(gè)地區(qū)。燕王在中秋夜趁他們不備，襲破雄縣，殲滅了耿炳文先鋒部隊(duì)的全部軍士，繼而又在滹沱河北岸打敗了耿炳文的主力部隊(duì)。建文帝只得召回耿炳文，讓李景隆取而代之。
李景隆本是個(gè)膏梁子弟，根本不懂得用兵的方法策略。他接任耿炳文職務(wù)后，收集那些殘兵敗將，并調(diào)動(dòng)各路人馬，一共50余萬進(jìn)駐在河間。正當(dāng)這個(gè)時(shí)候，遼軍攻打永平，燕王和他的部下說：“我們在這里，李景隆是不敢來的，現(xiàn)在我率軍去援救永平，他一定前來攻城，待我率領(lǐng)大軍回來再攻打他們，到那時(shí)你們堅(jiān)守城池，我們從后面堵截，他們一定大敗無疑?！?/p>
這年九月份，燕王率領(lǐng)軍隊(duì)援赴永平，同時(shí)，又故意撤離盧溝橋的守兵，引誘李景隆深入腹地。
李景隆果然上了燕王的圈套。就在十月份李景隆發(fā)兵直趨北平。在過盧溝橋時(shí)見沒有軍隊(duì)防守，非常高興，覺得北平垂手可得，于是就直接逼近北平城下。這時(shí)留守在北平城中的燕王的兒子朱高熾嚴(yán)密部署，拼死守衛(wèi)。李景隆號令不嚴(yán)，指揮不當(dāng)，軍隊(duì)雖然很多，可是面對他們這樣的堅(jiān)守，卻無可奈何。李景隆軍隊(duì)中唯有的都督瞿能勇敢善戰(zhàn)，他與兩個(gè)兒子率領(lǐng)精銳部隊(duì)1000多人，直殺入張掖門，其勢銳不可當(dāng)。但是，后援部隊(duì)遲遲不到，只好勒兵等待。李景隆怕瞿能得了頭功，就派人阻止，要他等候大軍全到，再一起進(jìn)攻。這樣，燕軍得到了喘氣的機(jī)會(huì)，把水潑在城墻上，由于天氣寒冷凍成了冰，到了第二天，李景隆的部隊(duì)再也無法攀上城墻去進(jìn)攻了。
燕王打退攻打永平的遼軍后，又帶領(lǐng)軍隊(duì)攻破了寧王朱權(quán)的封地大寧，收編了他的精銳部隊(duì)8萬人，從而兵力更加強(qiáng)大。
北平在朱高熾的奮勇守衛(wèi)下，李景隆無法攻克，等到燕王回來救援時(shí)，內(nèi)外夾攻，李景隆支持不住，只得率先逃循，連夜奔回德州。他的部下一看主帥逃跑，也紛紛丟棄兵械糧草，落荒而逃。
第二年四月，李景隆又集合兵將60余萬討伐燕王，在白溝河與燕軍開戰(zhàn)，結(jié)果又是大敗，死傷十幾萬人，百余里遍地都是尸體，李景隆本人躲入德州。燕王乘勝追擊，圍攻德州，李景隆放棄德州跑到濟(jì)南，燕王軍隊(duì)緊追不舍，這時(shí)，李景隆雖然還有十幾萬兵力，但倉猝出戰(zhàn)，還沒有來得及布陣，就被燕王的精銳部隊(duì)擊得大敗，李景隆只好單騎落荒而逃。
建文帝見李景隆一敗再敗，也無意問罪，就免去了他的大將軍職位，讓左都督盛庸來接替他。在盛庸的奮力防守下，濟(jì)南等地都保住了，燕王只好把軍隊(duì)撤回北平，暫作休整。
起兵三年來，燕王雖然屢次取得勝利，但得到的城池僅有永平、大寧等地，其他的都是得而復(fù)失，不能鞏固，將士也戰(zhàn)死了好幾萬?？墒?，皇帝的軍隊(duì)人數(shù)眾多，卻又都分布在各個(gè)要害地方，面對這種形勢，燕王很是惆悵。就在這個(gè)時(shí)候，皇宮里的太監(jiān)給他送了京城的情報(bào)。原來，建文帝對宦官約束很嚴(yán)，這些人心中不滿，便密謀擁戴燕王，向燕王通報(bào)情報(bào)說：南京城里空虛，應(yīng)抓緊時(shí)機(jī)，疾進(jìn)直取。燕王得到這個(gè)情報(bào)后，就決計(jì)帶兵南下，一路上不攻占城池，鋒芒直指京城。
燕王大舉出兵南下，一路攻打到揚(yáng)州等江北重地，做好強(qiáng)渡長江的準(zhǔn)備。南京城中的官員得知后，慌成一團(tuán)，紛紛要求到外邊去守城，借著這個(gè)借口離開南京，有的官員還暗中為燕王朱棣獻(xiàn)出渡江和攻入南京城的計(jì)策。建文帝朱允炆沒有辦法，只好以割地分制南北朝為條件，派人和燕王議和。但是，這時(shí)候燕王把攻破南京城看作是探囊取物，根本不理睬建文帝的這個(gè)議和，驅(qū)兵直逼南京城下。當(dāng)時(shí)，燕王的弟弟谷王朱橞和李景隆負(fù)責(zé)把守金川門，燕軍一到，他們就開門迎降。燕王朱棣進(jìn)城后，文武百官紛紛跪在道路兩邊迎接。燕軍進(jìn)京后，宮中起火，建文帝的去向也就成了千古之謎。
燕軍攻破京城后，燕王在群臣的擁戴下登上了皇帝的寶座，并宣布以第二年為永樂元年，他就是明朝歷史上的成祖皇帝。
前后三年之久的皇族內(nèi)部爭奪帝位的戰(zhàn)爭，終于以燕王朱棣的勝利而告結(jié)束。
