一、RDKit簡介

Linux（CentOS 7_x64位）系統(tǒng)下安裝RDkitLinux（CentOS 7_x64位）系統(tǒng)下安裝RDkit - AspirinCode - CSDN博客

前面寫的一篇CentOS 7下安裝RDkit的文章，在測試的時候有很多報錯，且不支持InChI和Avalon toolkit，后面使用中經(jīng)常會報錯。

現(xiàn)在更新一下新的測試全通過的安裝方法。

二、安裝環(huán)境

系 ? ? ? 統(tǒng)：CentOS 7.3（64位）

硬件環(huán)境：

三、安裝過程

安裝boost庫

python2 -m pip install boost #視自己安裝命令而定

安裝依賴

yum install cmake tk-devel readline-devel zlib-devel bzip2-devel sqlite-devel

RDKit安裝過程（安裝在/opt文件夾下）

tar zxvf rdkit-Release_2017_09_1.tar.gz

mv rdkit-Release_2017_09_1 rdkit

cd opt/rdkit

mkdir build

cd build

cmake -DBOOST_ROOT=/opt/rdkit -DRDK_BUILD_PYTHON_WRAPPERS=OFF -DRDK_BUILD_INCHI_SUPPORT=ON -DRDK_BUILD_AVALON_SUPPORT=ON ..

make -j14

make install

ctest

環(huán)境變量配置（根據(jù)自己的安裝文件夾簡單修改）

gedit ~/.bashrc

#RDkit

export RDBASE=/opt/rdkit

export PYTHONPATH=$RDBASE

export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib:/opt/rdkit/lib

source ~/.bashrc

安裝后測試：

from rdkit import Chem

from rdkit.Chem import Draw

def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):

mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)

#mol_name ='/home/liuwei/' + mol_name + '.jpg'

mol_name = mol_name + '.jpg' Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)

if __name__ == '__main__': depict_pic(mol_name = 'test')?