文獻(xiàn)積累（3）甲基化-eRNA-mRNA

Aberrant enhancer hypomethylation contributes to hepatic carcinogenesis through global transcriptional reprogramming

Methyl-binding DNA capture sequencing (MBDCap-seq)
33 pairs of HCC tumors and matched non-tumor tissues
區(qū)域內(nèi)DNA甲基化程度

區(qū)域富集功能 WebTools開發(fā)
5' 3' enhancer SE Atac ...
Encode 基因組15種區(qū)域分類
隱馬模型 segment

全基因組甲基化測序(BS-seq)WGBS
單堿基CPG位點(diǎn)甲基化測序

FANTOM5 存儲了enhancer和靶基因
找到enhancer區(qū)域里面的差異甲基化位點(diǎn)并且個數(shù)>10個定義為差異enhancer區(qū)域，把所有甲基化探針和靶基因做相關(guān)
CAGE是短序列標(biāo)簽


圖片.png

Enhancer 定義條件
H3K4me1/H3K4me3 越高證明存在enhancer
H3K27ac信號存在 說明enhancer有活性


圖片.png

形成loop
圖片.png

好看的圖
diffTools


圖片.png
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