每當你需要展示微生物的群落結構
你是不是已經厭倦了
無休止的條形圖和熱圖
想不想要更大膽前衛(wèi)的展示方式？
沒錯，它就是云字體！
云字體是一種很好的展示方式，可以使人直截了當地看出要展示的主要內容，現在越來越多的paper開始使用這種展示方法，尤其適合綜述文章。我們可以使用云字體來展示大范圍內微生物物種的出現頻率/概率/平均相對豐度等，要做云字體要安裝wordcloud2軟件包。要分析的文件格式即分類學信息及其出現頻度（平均相對豐度），如下所示：
讀取數據進行做圖如下所示：
data=read.table(file="genus_counts_ave.txt", header=T, check.names=FALSE)rownames(data)=data[,1]#對豐度數據進行適當的標準化來更好的顯示，可自己選擇合適的對數/指數等方法species=rownames(data)counts=data[,-1]counts=sqrt(log(1+counts))data=data.frame(species, counts)#安裝軟件包并做圖install.packages("wordcloud2")library(wordcloud2)wordcloud2(data,?rotateRatio=0,?size=0.5)
其中size設置的圖片大小，rotateRatio=0表示全部字體不旋轉（1則表示全部字體旋轉），運行結束后會生成云字體圖片，如下圖所示：
接下來就可以導出圖片在文章中使用啦！
