hello，大家好，又到周五，一周的收官之間，今天我們要繼續(xù)分享DSP在研究中的運(yùn)用，在這之前呢，文章空間轉(zhuǎn)錄組檢測靶點(diǎn)定量技術(shù)----Digital Spatial Profiler（DSP）介紹了DSP的基本原理和運(yùn)用場景，文章DSP（Digital Spatial Profiler,數(shù)字空間技術(shù)）在新冠中的運(yùn)用（本來想發(fā)簡書的，但是簡書直接就封了這篇文章，不知道為什么）介紹了一些DSP在新冠研究中的運(yùn)用，而今天，我們來個(gè)簡單的，看看DSP在Collapsing glomerulopathy中的運(yùn)用，今天分享的文章在Digital Spatial Profiling of Collapsing Glomerulopathy，用法相對(duì)簡單明了的文章，幫助我們由淺入深的認(rèn)識(shí)這項(xiàng)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。

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好了，我們好好分享一下吧

ABSTRACT

塌陷性腎小球病是局灶性和節(jié)段性腎小球硬化的一種組織學(xué)上不同的變體，表現(xiàn)為大量蛋白尿并預(yù)示著預(yù)后不良。塌陷性腎小球病可由病毒感染（例如 HIV 和 SARS-CoV-2）引發(fā)。塌陷性腎小球病灶的轉(zhuǎn)錄分析很困難，因?yàn)橹挥猩贁?shù)腎小球可能在腎活檢中表現(xiàn)出這種組織學(xué)，而導(dǎo)致這種異質(zhì)性的機(jī)制尚不清楚。因此，作者使用了最近開發(fā)的數(shù)字空間分析 (DSP) 技術(shù)，該技術(shù)允許在單個(gè)腎小球水平上對(duì) mRNA 進(jìn)行量化。使用 DSP，分析了來自 HIV 和 SARS-CoV-2 感染患者的腎小球中的 1,852 個(gè)轉(zhuǎn)錄本，這些患者的活檢證實(shí)為塌陷性腎小球病。 DSP 分辨率的提高揭示了腎小球轉(zhuǎn)錄譜的異質(zhì)性，這些異質(zhì)性在混合腎小球的早期激光捕獲顯微解剖研究中被遺漏。使用免疫組織化學(xué)和 RNA 原位雜交的重點(diǎn)驗(yàn)證顯示出與 DSP 結(jié)果的良好一致性。因此，DSP 代表了一種強(qiáng)大的方法來剖析病理上可辨別的腎臟病變的轉(zhuǎn)錄程序。

INTRODUCTION

塌陷性腎小球病是局灶節(jié)段性腎小球硬化 (FSGS) 的一種獨(dú)特的組織學(xué)模式。其特征是毛細(xì)血管簇塌陷、上皮細(xì)胞肥大/增殖，以及足細(xì)胞足突的廣泛消失。 塌陷性腎小球病被認(rèn)為是 FSGS 最具侵襲性的形式，與導(dǎo)致終末期腎病的進(jìn)行性實(shí)質(zhì)損傷有關(guān)。眾所周知，塌陷性腎小球病與濫用藥物、雙膦酸鹽、高干擾素狀態(tài)（丙型肝炎治療、狼瘡）和病毒相關(guān)感染（細(xì)小病毒 B19、HIV、SARS-CoV-2）。 具有高風(fēng)險(xiǎn) APOL1 基因型的個(gè)體特別容易發(fā)生塌陷性腎小球病，這反映了遺傳易感性和外源性觸發(fā)因素之間的相互作用。

鑒于其罕見性和腎活檢中塌陷性病變的局灶性，很難研究驅(qū)動(dòng)這種獨(dú)特腎小球病的分子機(jī)制。 一項(xiàng)開創(chuàng)性的激光捕獲顯微解剖和基于微陣列的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究證明了 FSGS 和特發(fā)性塌陷性腎小球病中發(fā)育程序的激活。最近的一項(xiàng)激光捕獲顯微解剖和蛋白質(zhì)組學(xué)研究確定了特發(fā)性塌陷性腎小球病中細(xì)胞外基質(zhì) (ECM) 成分的變化。這兩項(xiàng)研究都需要匯集來自多個(gè)切片的組織學(xué)正常和塌陷的腎小球，以獲得足夠的材料進(jìn)行檢測。 合并排除了比較個(gè)體腎小球之間的基因表達(dá)，干擾了將變化分配給受影響的與不顯著的腎小球的能力，并掩蓋了腎小球的異質(zhì)性。

由于苛刻的樣本要求，使用激光捕獲顯微切割方法無法在塌陷性腎小球病活檢中獲得個(gè)體腎小球轉(zhuǎn)錄譜。 然而，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的技術(shù)進(jìn)步現(xiàn)在允許準(zhǔn)確測量基因表達(dá)和定位到定義的解剖結(jié)構(gòu)。 其中一項(xiàng)技術(shù) NanoString 的 GeoMx 數(shù)字空間分析 (DSP) 平臺(tái)與福爾馬林固定石蠟包埋 (FFPE) 組織材料兼容，并允許自由選擇解剖結(jié)構(gòu)。 從單個(gè) 4μm 厚的切片（30-50 個(gè)細(xì)胞）中所需的 8-10,000μm² 的最小捕獲面積非常適合分析通常直徑為 200μm 且具有≥100 個(gè)細(xì)胞/腎小球橫截面的腎小球。

由于與其他病因相比，尚不清楚病毒介導(dǎo)的塌陷性腎小球病是否是一種普遍機(jī)制，因此使用基因表達(dá)的數(shù)字空間分析探索了在 SARS-CoV-2 和 HIV 相關(guān)塌陷性腎小球病中驅(qū)動(dòng)類似形態(tài)學(xué)表現(xiàn)的分子機(jī)制。 這項(xiàng)對(duì)個(gè)體腎小球中基因表達(dá)的研究提供了對(duì)塌陷性腎小球病發(fā)病機(jī)制的新見解，以及即使在形態(tài)學(xué)上難以區(qū)分的腎小球中也存在分子異質(zhì)性。

RESULTS

研究確定了三名分別患有 HIV 相關(guān)和 SARS-CoV-2 相關(guān)塌陷性腎小球病的患者。 通過光學(xué)顯微鏡檢查，兩組患者的具有塌陷特征的腎小球在組織學(xué)上似乎相似。 一名 COVID-19 患者 (COVID3) 患有明顯的血栓性微血管病 (TMA)，其中多個(gè)腎小球含有血栓，其他患者則表現(xiàn)出缺血性變化。

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• 注：Representative Jones-stained sections of glomeruli with histology analyzed by digital spatial profiling. HIVAN – HIV associated nephropathy; CG – collapsing glomerulopathy; COVID – SARS-CoV-2 associated disease; TMA – thrombotic microangiopathy。

切片與癌癥轉(zhuǎn)錄組圖譜探針（1,827 個(gè)基因 + 27 個(gè)刺突插入以檢測 SARS-CoV-2 病毒序列和對(duì)病毒進(jìn)入和繁殖很重要的宿主基因）雜交，并用標(biāo)記物復(fù)染以檢測細(xì)胞核、平滑肌肌動(dòng)蛋白 (SMA)、 泛細(xì)胞角蛋白和白細(xì)胞 (CD45)

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• 注：Biopsy sections were immunostained with fluorescent antibodies against the indicated markers and free from regions of interest (ROI) were drawn around glomeruli of interest. Bound probes were released and quantified by next generation sequencing.

在自由形式的感興趣區(qū)域 (ROI) 中選擇單個(gè)腎小球，并與它們在瓊斯染色切片上的組織學(xué)相關(guān)聯(lián)。 不幸的是，由于組織折疊，具有塌陷特征的腎小球無法用于 COVID3 患者。 對(duì)于每個(gè)腎小球 ROI，使用紫外線照射釋放與結(jié)合探針相關(guān)聯(lián)的寡核苷酸條形碼并收集以實(shí)現(xiàn)高通量測序。 在第三個(gè)四分位數(shù) (Q3) 標(biāo)準(zhǔn)化后，在每個(gè)患者的個(gè)體腎小球水平上生成表達(dá)譜。

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• 注：1852 genes (rows) were quantified from each glomerulus (columns) from n=3 patients each from normal, HIVAN and COVID conditions.

主成分分析證明了疾病和組織學(xué)的差異，以及來自 3 個(gè)正常對(duì)照的所有腎小球的表達(dá)特征的緊密聚類

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• 注：Principal component analysis reveals tight clustering of normal glomerular transcriptome profiles from 3 patients but large differences amongst glomeruli from HIVAN and COVID patients. For each glomerulus the first number indicates the patient and the second, the glomerular ID for that patient. Glomeruli with features of collapsing glomerulopathy are indicated in bold italics.

來自患有 TMA 的 COVID3 患者的腎小球表現(xiàn)明顯，并在所有后續(xù)分析中單獨(dú)考慮。 這些結(jié)果證明了對(duì)與組織學(xué)相關(guān)的個(gè)體腎小球進(jìn)行空間registered的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析的可行性。

接下來，研究DSP 數(shù)據(jù)與需要匯集腎小球的激光捕獲顯微切割數(shù)據(jù)相比如何。 利用個(gè)體腎小球水平的 DSP 數(shù)據(jù)，首先研究了哪些基因表達(dá)差異表征了具有塌陷組織學(xué)的腎小球，而不管其病因如何。 將 7 個(gè)具有塌陷特征的腎小球的表達(dá)譜與來自 3 個(gè)正常對(duì)照的 12 個(gè)腎小球進(jìn)行了比較。 這確定了 209 個(gè)基因的表達(dá)水平變化 >1.5 倍，參數(shù)方差分析 p<0.05。

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• 注：Volcano plot showing genes with differential expression between glomeruli with collapsing features and glomeruli from normal patient controls. Parametric ANOVA p<0.05 and absolute fold change of >1.5-fold were used to identify genes of interest.

這些差異表達(dá)的基因豐富了腎臟發(fā)育和形態(tài)發(fā)生ontologies

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• 注：Gene ontology enrichment identifies significant changes in biological processes related to kidney development, morphogenesis and VEGF signaling in collapsing glomerulopathy。

這些豐富的ontologies與之前的激光捕獲顯微解剖和基于微陣列的塌陷性腎小球病研究相關(guān)，并且兩項(xiàng)研究之間差異表達(dá)的基因有很好的重疊

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• 注：Dotplots of gene expression for selected genes. Each dot represents an individual glomerulus classified according to histology. For all comparisons between collapsing and normal glomeruli, parametric ANOVA p<0.05.

CD24、CDH2 和 PAX8 等共享差異表達(dá)基因在萎縮的腎小球中增加

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• 注：Comparison of our results to a previous transcriptomic study of collapsing glomerulopathy identifies several shared gene signatures. Differences between the studies likely reflect different sensitivities/dynamic ranges of the techniques or dilutional effects in the prior study which pooled all glomeruli from patients with a diagnosis of collapsing glomerulopathy whether they had collapsing features or not. Expression of genes highlighted in boldface are shown in panel C

CD24 是一種祖細(xì)胞標(biāo)記物，已在人類塌陷性腎小球病中得到驗(yàn)證。CD44 和 PAX8 在 FSGS 的動(dòng)物模型中增加，但尚未在人塌陷性腎小球病中得到證實(shí)。有趣的是，在我們的研究中，許多差異表達(dá)的基因在具有塌陷形態(tài)的腎小球中減少，并且以前沒有報(bào)道過。我們發(fā)現(xiàn) DSP 數(shù)據(jù)中 WT1、CDKN1C 和 MME (CD10) 等足細(xì)胞基因的表達(dá)降低，但在先前的激光捕獲顯微解剖研究中沒有顯著變化，這可能是由于合并塌陷和正常腎小球?qū)е碌男盘?hào)稀釋形態(tài)學(xué)。參與內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)的基因（ERG、VEGF、KDR、FLT1）在兩種類型的塌陷性腎小球病中也減少。在我們的研究中，有絲分裂標(biāo)志物 MKI67 和 PCNA 在萎縮的腎小球中均顯著增加，但變化 <1.5 倍。足細(xì)胞表型標(biāo)志物的丟失和增殖標(biāo)志物的增加與之前關(guān)于塌陷性腎小球病中足細(xì)胞表型失調(diào)的報(bào)告一致。為了定位腎小球內(nèi)特定細(xì)胞類型的表達(dá)變化，我們驗(yàn)證了 PAX8 和 MME 在其他部分的表達(dá)和定位我們的樣品。在患有 TMA 的 COVID3 患者的正常腎臟樣本和腎小球中，PAX8 在鮑曼囊內(nèi)壁上皮細(xì)胞和腎小管上皮細(xì)胞（均被排除在我們的 DSP ROI 選擇之外）中顯示出強(qiáng)烈的核表達(dá)，但在腎小球簇上的細(xì)胞中沒有。相比之下，塌陷的腎小球在大多數(shù)覆蓋塌陷的毛細(xì)血管簇的反應(yīng)性上皮細(xì)胞中表現(xiàn)出強(qiáng)烈的 PAX8 表達(dá)，以及在單個(gè)足細(xì)胞和鮑曼囊內(nèi)壁上皮細(xì)胞中的零星表達(dá)。

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• 注：Immunohistochemistry for PAX8 and MME validates the glomerular expression profiles of collapsing glomerulopathy shown in panel C.

與具有 TMA 的 COVID3 患者和正常對(duì)照相比，MME 顯示出相反的模式，塌陷腎小球中的表達(dá)降低。 這可能代表足細(xì)胞中的表達(dá)降低或足細(xì)胞本身的丟失/轉(zhuǎn)分化。 因此，個(gè)體腎小球水平譜揭示了塌陷腎小球中的轉(zhuǎn)錄異質(zhì)性和新的差異表達(dá)基因，然后通過免疫組織化學(xué)檢測蛋白質(zhì)進(jìn)行驗(yàn)證

為了了解 HIV 和 SARS-CoV-2 是否以相似或不同的方式影響腎小球，我們比較了 3 名 HIV 感染患者的 12 個(gè)腎小球與 COVID1 和 COVID2 患者的 6 個(gè)腎小球的表達(dá)譜（再次排除了患有 TMA 的 COVID3 患者） . 這確定了 58 個(gè)基因的表達(dá)水平變化 >1.5 倍，參數(shù)方差分析 p<0.05

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• 注：Volcano plot showing genes with differential expression between glomeruli from patients with HIVAN or COVID-19 (n=3 patients each). Parametric ANOVA p<0.05 and absolute fold change of >1.5-fold were used to identify genes of interest.

值得注意的是，在所有檢查的腎小球中均未檢測到 SARS-CoV-2 病毒 RNA，并且在所有 3 次 COVID-19 活檢中，SAR-CoV-2 刺突蛋白的 ISH 均為陰性，這一發(fā)現(xiàn)與最近的尸檢腎臟 DSP 研究一致 .與抗病毒反應(yīng)和干擾素通路相關(guān)的基因ontologies在 HIV 患者的腎小球中高度富集 。

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• 注：Gene ontology enrichment identifies significant changes in biological processes related to anti-viral responses and interferon signaling in glomeruli from HIVAN patients.

有趣的是，當(dāng)按組織學(xué)分類時(shí)，很明顯，來自 HIV 感染患者的萎縮性腎小球和組織學(xué)上正常的腎小球都表現(xiàn)出強(qiáng)烈的干擾素反應(yīng)特征

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• 注：Dotplots of gene expression for selected genes. Each dot represents an individual glomerulus classified according to histology. For all comparisons except KRT19, parametric ANOVA p<0.05.

我們之前的分析已將 KRT19 鑒定為在萎縮性腎小球中上調(diào)的基因。然而，對(duì) COVID 和 HIV 塌陷性腎小球的檢查表明，這僅是由 HIV 感染患者的塌陷性腎小球驅(qū)動(dòng)的。 這些增加的 KRT19 表達(dá)水平與泛細(xì)胞角蛋白免疫熒光在 ROI 選擇過程中作為復(fù)染劑的相關(guān)性很好

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因此，即使 HIVAN 和 COVID-19 患者的活檢結(jié)果在形態(tài)學(xué)上相似，DSP 也揭示了在 HIVAN 和 COVID-19 中差異調(diào)節(jié)的分子途徑。

塌陷性腎小球病也可以在血管內(nèi)皮損傷（血栓性微血管病，TMA）的情況下檢測到，例如在接受 VEGFA 阻斷劑治療癌癥的患者中。 TMA 和塌陷性腎小球病也與 COVID-19 腎損傷有關(guān)，如 患者 COVID3 的病例，但其潛在機(jī)制知之甚少。因此，我們研究了來自具有 TMA 的 COVID3 患者的 6 個(gè)腎小球與 12 個(gè)正常腎小球的表達(dá)譜。 在該分析中，182 個(gè)基因的表達(dá)水平變化 >1.5 倍，參數(shù)方差分析 p<0.05

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• 注：Volcano plot showing genes with differential expression between glomeruli from the patient with COVID-TMA (patient 3, n=6 glomeruli) compared to 3 normal patients’ glomeruli (n=12 glomeruli). Parametric ANOVA p<0.05 and absolute fold change of >1.5-fold were used to identify genes of interest.

這些基因豐富了與代謝、跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)、組織重塑和血管生成相關(guān)的ontologies

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• 注：Gene ontology enrichment identifies significant changes in biological processes related to metabolism, transporters and angiogenesis in the COVID-TMA glomeruli.

引人注目的是，來自患有 TMA 的 COVID3 患者的腎小球中的幾個(gè)對(duì)血管功能很重要的基因增加

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• 注： Dotplots of gene expression for selected genes. Each dot represents an individual glomerulus classified according to histology. For all comparisons of COVID-TMA to normal glomeruli, parametric ANOVA p<0.05. Glomeruli from other patients/histologic profiles are included for completeness

這些包括粘附分子 VE-鈣粘蛋白 (CDH5)25 和 PECAM1 (CD31)、血管生成素信號(hào)受體 TIE1、Notch 信號(hào)組分 DLL4 和 NOTCH1，以及早期應(yīng)激反應(yīng)性 AP-1 轉(zhuǎn)錄因子組分 JUNB。與 TMA 相關(guān)的缺血性損傷一致 , 缺氧反應(yīng)基因 DDIT4、HIF1A 和 VEGFA 也被誘導(dǎo)。 根據(jù)腎小球組織學(xué)分類的 VEGFA 表達(dá)模式particularly striking.。 為了進(jìn)一步研究這一點(diǎn)，我們在患者活組織檢查的其他組織切片中對(duì) VEGFA 進(jìn)行了 RNA 原位雜交 (RNAISH)

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• 注： RNA in situ hybridization of VEGFA confirms its digital spatial expression profile shown in panel C.

正常腎小球?qū)?VEGFA mRNA 顯示出強(qiáng)健的足細(xì)胞染色。 相比之下，來自 HIV 患者的萎縮腎小球顯示幾乎完全喪失 VEGFA 染色。 Unfortunately，從 COVID 患者活檢獲得的更深層次中不存在塌陷的腎小球。 在來自 HIV 和 COVID 患者的非塌陷腎小球中，VEGFA 水平似乎也較低。 相比之下，患有 TMA 的 COVID3 患者的腎小球表現(xiàn)出強(qiáng)烈的足細(xì)胞 VEGFA 染色。 這些 RNA-ISH 表達(dá)模式證實(shí)了通過空間分析得出的個(gè)體腎小球表達(dá)模式，并確定了復(fù)雜的足細(xì)胞/內(nèi)皮相關(guān)表達(dá)程序，該程序隨腎小球組織學(xué)的不同而變化。

DISCUSSION

在這項(xiàng)研究中，我們成功證明了 DSP 在了解 HIV 和 SARS-CoV-2 相關(guān)塌陷性腎小球病和 TMA 方面的可行性。與之前僅檢查特發(fā)性塌陷性腎小球病的研究相比，我們在此描述了與病毒感染相關(guān)的塌陷性腎小球病的表達(dá)譜。我們將使用 DSP 的結(jié)果與使用激光捕獲顯微切割的先前研究進(jìn)行了比較，并確認(rèn)塌陷性腎小球病具有獨(dú)特的表達(dá)譜發(fā)育調(diào)節(jié)基因和 ECM 重塑基因的表達(dá)增加。然而，當(dāng)根據(jù)組織學(xué)或疾病狀態(tài)對(duì)腎小球進(jìn)行分層時(shí)，DSP 增加的敏感性和腎小球水平分辨率有助于識(shí)別表達(dá)譜的差異。例如，來自 HIV 感染患者的腎小球表現(xiàn)出強(qiáng)烈的干擾素反應(yīng)特征，而這在 COVID-19 患者的腎小球中不存在。這是令人驚訝的，因?yàn)槲覀兒推渌艘呀?jīng)提出與 COVID-19 相關(guān)的塌陷性腎小球病是在具有高風(fēng)險(xiǎn) APOL1 基因型的個(gè)體中旺盛的細(xì)胞因子反應(yīng)的背景下發(fā)生的。這種差異可能反映了 2/3 的 HIV 中持續(xù)的病毒感染患者，而 2/3 的 COVID-19 患者的感染已清除。與 HIV 直接感染腎細(xì)胞的報(bào)道類似，證實(shí) SARS-CoV-2 直接感染腎臟也存在爭議。我們沒有通過空間分析或 RNA 在我們的任何樣本中檢測到 SARS-CoV-2 病毒 RNA -ISH?；顧z中缺乏 SARS-CoV-2 感染的證據(jù)支持間接損傷模型，但不排除先前短暫感染的可能性（“肇事逃逸”模型）。我們還在 TMA 中發(fā)現(xiàn)了明顯的血管損傷特征，之前沒有描述過。 HIV 和 COVID-19 患者的萎縮性腎小球幾乎完全喪失了 VEGFA，這可能代表基因下調(diào)和/或足細(xì)胞喪失。然而，來自患有 TMA 的 COVID3 患者的腎小球顯示出 VEGFA 和其他內(nèi)皮細(xì)胞相關(guān)轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)增加，這在以前從未被描述過，并且可能代表對(duì)血管損傷的適應(yīng)性反應(yīng)。

研究的主要局限是樣本數(shù)量少；然而，這是研究罕見疾?。ɡ缢菪阅I小球?。┧逃械?。為了進(jìn)行比較，即使是擁有超過 2,100 個(gè)患者數(shù)據(jù)集的大型數(shù)據(jù)庫 Nephroseq，也只有 6 名患有塌陷性腎小球病的患者的表達(dá)數(shù)據(jù)，與我們的研究中的數(shù)字相同。此外，使用激光捕獲顯微切割技術(shù)無法將單個(gè)腎小球的組織學(xué)與其表達(dá)譜相關(guān)聯(lián)，這是 Nephroseq 數(shù)據(jù)集中最常用的方法。另一個(gè)缺點(diǎn)是在我們進(jìn)行這項(xiàng)研究時(shí)可用的癌癥轉(zhuǎn)錄組圖譜探針組中可用的基因數(shù)量很少（1,825 個(gè)癌癥和免疫學(xué)重點(diǎn)基因）。從那時(shí)起，一個(gè)包含約 18,000 個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因的全轉(zhuǎn)錄組圖譜探針集已經(jīng)發(fā)布，這將使腎活檢中疾病過程的全轉(zhuǎn)錄組分析成為可能。我們研究的其他局限性包括，如果腎小球沒有在用于 RNA-ISH 或免疫組織化學(xué)的更深層次上保存，則驗(yàn)證失敗，以及難以確定因果關(guān)系和機(jī)制的時(shí)間，這在所有基于人體活檢的研究中都很常見。然而，即使有這些限制，我們還是通過使用 DSP 的疾病和組織學(xué)發(fā)現(xiàn)了腎小球表達(dá)模式的顯著異質(zhì)性。重要的是，我們發(fā)現(xiàn) DSP 和 RNA-ISH 以及由免疫熒光/免疫組織化學(xué)確定的蛋白質(zhì)水平之間存在良好的相關(guān)性，驗(yàn)證了這項(xiàng)新技術(shù)及其在提供對(duì)組織疾病病理生理學(xué)的新見解方面的效用。

最強(qiáng)大的是，DSP 技術(shù)足夠靈敏，可以對(duì)具有少量腎小球的 FFPE 組織的單個(gè)切片進(jìn)行研究，并且不需要合并，從而在任何臨床或研究活檢中實(shí)現(xiàn)單腎小球水平分辨率數(shù)據(jù)。這對(duì)于罕見的疾病過程或僅有腎臟結(jié)構(gòu)局灶性受累的疾病尤其有用，例如塌陷性腎小球病。在這些情況下，為了滿足基于激光捕獲顯微切割的分析的最低輸入要求而匯集大量結(jié)構(gòu)會(huì)掩蓋潛在的表達(dá)模式，正如我們在本研究中所展示的那樣。 DSP 基于探針的 mRNA 定量的另一個(gè)優(yōu)勢是與 FFPE 臨床檔案標(biāo)本的單部分兼容。相比之下，激光捕獲顯微切割需要更高的 RNA 輸入完整性，并且優(yōu)先對(duì)來自同意專門為這些研究進(jìn)行額外研究活組織檢查的患者的前瞻性收集和穩(wěn)定樣本進(jìn)行。

基因表達(dá)的空間解析分析代表了范式轉(zhuǎn)換技術(shù)的最新迭代，該技術(shù)有望徹底改變我們對(duì)疾病機(jī)制的理解。新興的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法，利用廣泛可用的下一代測序儀，在簡化的工作流程中量化應(yīng)用于載玻片的組織切片的轉(zhuǎn)錄本。 最近，DSP 已應(yīng)用于 COVID-19 尸檢腎組織，但據(jù)所知，這項(xiàng)研究代表了該技術(shù)首次應(yīng)用于腎活檢組織中的腎小球。 在這項(xiàng)研究中，DSP 揭示了 HIV 和 SARS-CoV-2 驅(qū)動(dòng)的塌陷性腎小球病和 TMA 的腎小球異質(zhì)性和共享和不同的病理途徑。 這開啟了使用存檔 FFPE 標(biāo)本深入了解使用人體活檢組織的各種解剖學(xué)定義的腎臟疾病機(jī)制的令人興奮的可能性。

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• 注： Histology of glomeruli selected for digital spatial profiling. For each glomerulus the first number indicates the patient and the second, the glomerular ID for that patient. Glomeruli with features of collapsing glomerulopathy are indicated in bold italics and a blue bounding box. Attempts were made to identify glomeruli on original 2μm thick Jones-stained sections. When this was not possible, the glomeruli were imaged from the slide used to generate spatial profiling data that was post-stained with Jones. Apparent differences in appearance/quality may be due to the fact that these sections were cut at 4μm and have been processed previously for digital spatial profiling.

Method

Spatial profiling, sequencing and data analysis

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比較簡單的DSP運(yùn)用的文章，初步認(rèn)識(shí)DSP技術(shù)的特點(diǎn)。

生活很好，有你更好