比較幾種主要的構(gòu)樹方法，一般情況下，若有合適的分子進(jìn)化模型可供選擇，用最大似然法（ML）構(gòu)樹獲得的結(jié)果較好；對(duì)于近緣物種序列，通常情況下使用最大簡(jiǎn)約法(MP)；而對(duì)于遠(yuǎn)緣物種序列，一般使用鄰接法(NJ)或最大似然法(ML)。對(duì)于相似度很低的序列，鄰接法往往出現(xiàn)長(zhǎng)枝吸引(branch attraction)現(xiàn)象，有時(shí)嚴(yán)重干擾進(jìn)化樹的構(gòu)建。對(duì)于各種方法重建進(jìn)化樹的準(zhǔn)確性，Hall (2005)認(rèn)為貝葉斯法最好，其次是最大似然法(ML)，然后是最大簡(jiǎn)約法(MP)。其實(shí)如果序列的相似性較高，各種方法都會(huì)得到不錯(cuò)的結(jié)果，模型間的差別也不大。鄰接法和最大似然法是需要選擇模型的。蛋白質(zhì)序列和DNA序列的模型選擇是不同的。蛋白質(zhì)序列的構(gòu)樹模型一般選擇Poissoncorrection(泊松修正)，而核酸序列的構(gòu)樹模型一般選擇Kimura2-parameter (Kimura一2參數(shù))。如果對(duì)各種模型的理解并不深入，最好不要使用其他復(fù)雜的模型。參數(shù)的設(shè)置推薦使用缺省的參數(shù)。

NJ法
它的特點(diǎn)是重建的樹相對(duì)準(zhǔn)確，假設(shè)少，計(jì)算速度快，只得到一棵樹。其缺點(diǎn)主要表現(xiàn)在將序列上的所有位點(diǎn)同等對(duì)待，且所分析序列的進(jìn)化距離不能太大。故NJ法適用于進(jìn)化距離不大，信息位點(diǎn)少的短序列。
MP法
適用于序列殘基差別小，具有近似變異率，包含信息位點(diǎn)比較多的長(zhǎng)序列。
ML法
在進(jìn)化模型選擇合理的情況下，ML法是與進(jìn)化事實(shí)吻合最好的建樹算法。其缺點(diǎn)是計(jì)算強(qiáng)度非常大，極為耗時(shí)。