###01.序列比對

nohup nucmer --mum -c 100 -l 50 -g 1000 -t 12 $ref $qry &> step1.log &

#--mincluster/-c 用于聚類的匹配最低長度，默認65

#--minmatch/-l 單個匹配最小長度

#--maxgap/-g: 兩個相鄰匹配間的最大gap長度，默認90

---------------------------------------------------------------------------------------

--mum?Use anchor matches that are unique in both the reference and query 或者?--maxmatch Use all anchor matches regardless of their uniqueness

同時比對也可以用minimap2等軟件完成

--------------------------------------------------------------------------------------

###02.去除短的和低質量比對

delta-filter -1 -q -r -i 89 -l 50 out.delta > out.filter

#-1: 1對1聯(lián)配，允許重排，是-r和-q的交集

#-q: 僅保留每個query在reference上的最佳位置,允許多條query在reference上重疊

#-r: 僅保留每個reference在query上的最佳位置,允許多條reference在query上重疊

##-i: 最小的相似度 [0,100], 默認0

##-l: 最小的匹配長度 默認0.

#-u: 最小的聯(lián)配唯一度 [0,100], 默認0

#-o: 最大重疊度，針對-r和-q設置。 [0,100], 默認100

#-g: 1對1全局匹配，不允許重排

#-m: 多對對聯(lián)配，允許重排，是-r和-q的合集

###03.比對結果轉成表格格式

show-coords -THrd out.filter > out.filter.coords

#-r：以refID排序，相對的，還有-q，以queryID排序

#-T: Switch output to tab-delimited format

#-H: Do not print the output header

#-d 在附加的 FROM 列中顯示對齊方向（引物的默認值）

###04.運行syri進行變異檢測

syri -c out.filter.coords -d out.filter -r $ref -q $qry

# 輸入mummer coords文件，記錄共線性塊位置信息

# 輸入mummer delta文件，記錄共線性區(qū)塊內(nèi)錯配，插入，刪除等信息；即SNP和indel信息。

# refence路徑

# query路徑

###05.繪圖

syri plotsr syri.out $ref $qry -H 8 -W 5