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最近在看論文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genetic history of apple domestication（高水平論文看起來還真是吃力?。┛炊稽c(diǎn)記一點(diǎn)吧。今天的筆記記錄的是論文中Figure2圖d中的堆積柱形圖的畫法，（本來今天的推文也計(jì)劃將右側(cè)的散點(diǎn)圖拼接到堆積柱形圖的右側(cè)的內(nèi)容也記一下的，但是實(shí)現(xiàn)的時(shí)候遇到一些問題，暫時(shí)還沒有重復(fù)出來，等到有辦法了再來記錄）

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做堆積柱形圖參考 https://www.datanovia.com/en/blog/how-to-create-a-ggplot-stacked-bar-chart-2/

第一步準(zhǔn)備數(shù)據(jù)

數(shù)據(jù)總共三列，

需要示例數(shù)據(jù)可以直接在文末留言

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讀入數(shù)據(jù)

df<-read.csv("NG_stacked_barplot_example.csv",
             header = T)
head(df)

基本的堆積柱形圖

library(ggplot2)
ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(aes(fill=Origin))

image.png

旋轉(zhuǎn)圖形

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(aes(fill=Origin))+
  coord_flip()

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更改圖例的位置到最底部

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(aes(fill=Origin))+
  coord_flip()+
  theme(legend.justification = c(0,0))

image.png

更改配色

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(aes(fill=Origin))+
  coord_flip()+
  theme(legend.justification = c(0,0))+
  scale_fill_manual(values = c("#6cc396","#9896ca"))

image.png

更改坐標(biāo)軸的標(biāo)題

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(aes(fill=Origin))+
  coord_flip()+
  theme(legend.justification = c(0,0))+
  scale_fill_manual(values = c("#6cc396","#9896ca"))+
  labs(x=expression(paste(italic("M. domestica"),
                          "  accession")),
       y="Fraction of nuclear genome")

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將y軸的標(biāo)題離文字標(biāo)簽遠(yuǎn)一點(diǎn)

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(aes(fill=Origin))+
  coord_flip()+
  theme(legend.justification = c(0,0),
        axis.title.y = element_text(vjust=5),
        plot.margin = unit(c(0.1,0.1,0.1,0.5),"cm"))+
  scale_fill_manual(values = c("#6cc396","#9896ca"))+
  labs(x=expression(paste(italic("M. domestica"),
                          "  accession")),
       y="Fraction of nuclear genome")

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簡單美化，去掉灰色背景，去掉網(wǎng)格線，更改一些圖例的字體

library(ggplot2)
library(Cairo)
p1<-ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(aes(fill=Origin))+
  coord_flip()+
  theme_bw()+
  theme(legend.justification = c(0,0),
        axis.title.y = element_text(vjust=5),
        plot.margin = unit(c(0.1,0.1,0.1,0.5),"cm"),
        panel.grid = element_blank(),
        legend.text = element_text(family = "Comic Sans MS"))+
  scale_fill_manual(values = c("#6cc396","#9896ca"))+
  labs(x=expression(paste(italic("M. domestica"),
                          "  accession")),
       y="Fraction of nuclear genome")
ggsave("Rplot10.pdf",p1,device = cairo_pdf)

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但是這里遇到一個(gè)問題是：如何將圖例的字體更改為斜體呢？暫時(shí)還沒有想到比較好的辦法

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小明的數(shù)據(jù)分析筆記本