我用的是ggsashimi，這個(gè)主要是用來(lái)展示和統(tǒng)計(jì)局部splicing的情況。

這個(gè)軟件或者說(shuō)代碼的安裝及調(diào)試比較麻煩，建議使用他們官網(wǎng)的docker方法進(jìn)行安裝環(huán)境。我們服務(wù)器上的軟件調(diào)教的比較好，所以我直接用的服務(wù)器算法。
具體的一個(gè)例子可以參考下這個(gè)中文教程。不過(guò)他的前面的目的是要轉(zhuǎn)換下chr的問(wèn)題，如果你是比對(duì)和做annotation的文件是一個(gè)來(lái)源的話就沒(méi)必要整那么一下，直接用chr位置就好。具體的實(shí)例和文件他們官方網(wǎng)站就有。
我的代碼如下
要注意的是input_bam.txt 中bam文件的路徑要用絕對(duì)路徑不要相對(duì)路徑。palette.txt里面是你選的顏色配色。

ml python/2.7
ml R/3.6
ml samtools

soft_dir=~/sashimi-plot.py
human_gtf=~/soforms.gtf
out_dir=~/figure_1i


${soft_dir} -b ${out_dir}/input_bam.txt -c chr10:112,427,033-112,428,432 \
-g ${human_gtf}  -M 10 -C 3 -O 3 --shrink --alpha 0.25 \
--base-size=20 --ann-height=4 --height=3 --width=18 -P ${out_dir}/palette.txt \
-o ${out_dir}/yourname

圖片還蠻biu鐵佛的

結(jié)果