1.安裝包
# ClustalW
wget http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1.tar.gz
cd clustalw-2.1
./configure
make
make install
#或者conda 安裝
conda install clustalw
#phylip
conda install phylip
軟件使用：
ClustalW 提供了兩種操作方式：
1、鍵盤交互的菜單界面
2、命令行方式
由于命令行模式參數(shù)比較長，看起來也比較復(fù)雜，
我們主要介紹鍵盤交互的菜單界面運(yùn)行方式。
運(yùn)行culstal W，
我們看到會彈出一個窗口。
各選項(xiàng)含義如下，2、3、4 分別代表了該軟件的三個功能：多序列比對、基于已有剖面的比
對、構(gòu)建進(jìn)化樹。
按照提示選擇不同的選項(xiàng)將得到你需要的結(jié)果。
1 輸入待比對序列；
2 進(jìn)行多序列比對；
3 進(jìn)行基于已有剖面（profile）的比對；
4 構(gòu)建進(jìn)化樹；
S 執(zhí)行非clustalw 的系統(tǒng)命令；
H 打開幫助文件；
X 退出程序；
2.使用ClustalW進(jìn)行比對
可以在線進(jìn)行比對 http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/
本地化比對，交互模式
若使用在線建樹，運(yùn)行clustalW，先按1回車，附上fa文件的完整路徑（建議）回車，按2回車，再按一次2回車，等待，完了之后，會讓輸入輸出完整路徑。接著就可以退出clustalW了，按x。得到的dnd文件。
若用phylip 建樹
１、輸入 ./clustalw2 或者 clustalw 進(jìn)入交互模式
2、選擇1 并輸入文件名字或者文件路徑和名字
注：比對序列需放在一個文件夾中
3、輸入2， 進(jìn)行多序列比對
4、如果要修改輸入格式，則點(diǎn)9
5、若要輸出格式為phylip，則點(diǎn)4，并關(guān)閉1
6、按下回車，后退
7、選擇1進(jìn)行比對, 因?yàn)閜hylip輸入文件為名infile， 所以這里直接改名字infile，并退出軟件即可
進(jìn)入phulip 軟件的 exe 文件, 并將剛才比對結(jié)果infile 的路徑移到exe中。
３、構(gòu)建樹：
得到的dnd文件可以通過http://itol.embl.de/來在線建樹，非常方便快速。
使用phylip 建樹
1、最大似然
直接輸入./proml ， 輸入y進(jìn)行確定參數(shù)，得到兩個文件，outtree 和outfile，若想圖形化，則將outtree 改為outtree.tre 可在mega上查看
2、臨接法
先輸入./protdist. 計(jì)算各個序列中兩兩序列的距離，得到距離矩陣。將該結(jié)果文件改名為infile，并進(jìn)行臨接法構(gòu)進(jìn)化樹，方法為；輸入./neighbor.用同樣的方法可以在mega上查看圖像
