maker安裝

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1. 安裝perl包

source activate maker
conda install perl-inline-c perl-perl-unsafe-signals perl-want perl-forks perl-dbd-pg

2. 配置mpi

用conda安裝mpich2，我這里安裝的版本是mpich2-1.4.1p1。

conda install mpich2=1.4.1p1

我這里使用的是mpich2，用openmpi不是很好使。

3. 安裝依賴軟件

3.1 安裝RMBlast
wget -c http://www.repeatmasker.org/rmblast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz
#添加環(huán)境變量
echo "export PATH=/home/chenhx/software/rmblast-2.11.0/bin:"'$PATH' >> ~/.bashrc
3.2 安裝snap
wget -c http://korflab.ucdavis.edu/Software/snap-2013-11-29.tar.gz
tar -zxvf snap-2013-11-29.tar.gz
make
echo "export PATH=/home/chenhx/software/snap:"'$PATH' >> ~/.bashrc
echo "export Zoe=/home/chenhx/software/snap/Zoe:"'$PATH' >> ~/.bashrc
3.3 安裝RepeatMasker

見“RepeatModeler + RepeatMasker安裝”篇

3.4 安裝Exonerate 2.2
wget -c http://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/vertebrategenomics/exonerate/exonerate-2.2.0-x86_64.tar.gz
tar -zxvf exonerate-2.2.0-x86_64.tar.gz
echo "export PATH=/home/chenhx/software/exonerate-2.2.0-x86_64/bin:"'$PATH' >> ~/.bashrc
3.5 安裝Augustus
conda install Augustus
3.6 安裝genemark-ES

下載genemark-ES，軟件安裝包可以自行下載http://exon.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi。

tar -zxvf gmes_linux_64.tar.gz
cp gm_key_64 ~/.gm_key
echo "export PATH=/home/chenhx/software/gmes_linux_64:"'$PATH' >> ~/.bashrc
3.7 安裝maker

下載地址http://weatherby.genetics.utah.edu/cgi-bin/registration/maker_license.cgi

conda install perl-dbd-sqlite perl-io-all perl-bit-vector perl-Bio-Procedural
tar -zxvf maker-2.31.11.tgz 
cd maker/src
perl Build.PL
#編譯時(shí)選擇不用mpi，默認(rèn)是N，直接回車即可
./Build install
echo "export PATH=/home/chenhx/software/maker/src/bin:"'$PATH' >> ~/.bashrc
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