蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)
三大數(shù)據(jù)庫(kù)共同構(gòu)建蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)——uniprot 數(shù)據(jù)庫(kù)
Uniprot 數(shù)據(jù)庫(kù)
uniprot 數(shù)據(jù)庫(kù)三個(gè)層次數(shù)據(jù)庫(kù)：
1）UniPrac：收錄所有UniProt 數(shù)據(jù)庫(kù)子庫(kù)中的蛋白質(zhì)序列，量大，粗糙。
2）UniRef：歸納UniProt 幾個(gè)主要數(shù)據(jù)庫(kù)并將重復(fù)序列去除后的數(shù)據(jù)庫(kù)。
3）UniProtKB：有詳細(xì)注釋并與其他數(shù)據(jù)庫(kù)有鏈接的數(shù)據(jù)庫(kù)（Swiss-Prot / TrEMBL）
uniprot 數(shù)據(jù)信息內(nèi)容
亞細(xì)胞定位
成熟的蛋白質(zhì)必須在特定的部位才能發(fā)揮生物學(xué)功能，蛋白質(zhì)在不同組分中的定位即為蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位。
亞細(xì)胞定位，對(duì)蛋白質(zhì)的生理功能有著直接的影響。
處于合適的位置才能發(fā)揮其正常功能。
可以看到兩種異構(gòu)體信息，分別位于細(xì)胞核與線粒體中。
這與先前在genebank 中看到的兩端mRNA 信息一致。（多出一段序列的是信號(hào)肽，對(duì)應(yīng)線粒體定位）
pathol/biotech
提供蛋白質(zhì)突變或缺失導(dǎo)致的疾病及表型信息。
PTM/processing
提供蛋白質(zhì)翻譯后修飾或翻譯后加工的信息。
Expression
提供了基因在mRNA水平或蛋白質(zhì)水平的表達(dá)信息，或者在不同器官的表達(dá)信息。
interaction
蛋白質(zhì)相互作用信息。
1）uniproKB 中有直接記錄的兩兩相互作用蛋白質(zhì)信息。
2）其他蛋白互作數(shù)據(jù)庫(kù)記錄。如string 網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接。
Structure
family&domains
提供蛋白質(zhì)家族及結(jié)構(gòu)域信息。
有三個(gè)重要的區(qū)域與其他蛋白結(jié)合。
還有與系統(tǒng)發(fā)生學(xué)的一些內(nèi)容
sequence
提供蛋白質(zhì)氨基酸序列信息
多個(gè)isoforms 會(huì)顯示多個(gè)序列信息
選擇FASTA 獲得該格式序列信息
cross-references
列出了所有其他含有該蛋白信息的數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接
similiar protein
在UniRef 中找到與該蛋白在序列水平上相似的其他蛋白質(zhì)，并按一定的順序分組。
導(dǎo)出uniprot 信息
txt 格式文件會(huì)在左側(cè)顯示索引，表示不同類別的數(shù)據(jù)。
參見：
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)
蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)
PDB 數(shù)據(jù)庫(kù)
- 只有通過實(shí)驗(yàn)方法獲得3D 結(jié)構(gòu)才會(huì)被收入
周更（。。tql）
鏈接：http://www.rcsb.org/
搜索出來結(jié)果
主要界面信息
一個(gè)結(jié)構(gòu)對(duì)應(yīng)一個(gè)PDB ID
完全的信息存儲(chǔ)在PDB格式的文件內(nèi)。
PDB 文件信息
COMPND : 對(duì)各個(gè)分子進(jìn)行描述。
SOURCE：每一個(gè)分子的實(shí)驗(yàn)來源。
KEYWDS：數(shù)據(jù)庫(kù)搜索關(guān)鍵詞。
EXPDTA：特定結(jié)構(gòu)采用的實(shí)驗(yàn)方法。
JRNL：發(fā)表該結(jié)構(gòu)的文獻(xiàn)。
除此之外還有蛋白質(zhì)的各級(jí)結(jié)構(gòu)的具體信息。
實(shí)驗(yàn)參數(shù)部分
其中3D坐標(biāo)部分的內(nèi)容篇幅最長(zhǎng)，也最為重要。
- PDB 實(shí)際存儲(chǔ)的是3D 坐標(biāo)，由此來構(gòu)建3D模型。
3D可視化操作
由先前部分，知道了每一個(gè)3D 模型其實(shí)都是根據(jù)一些列的參數(shù)設(shè)定，并通過相關(guān)的化學(xué)鍵信息，連接而成。
PDB提供了在線3D可視化軟件（需要java 環(huán)境）
PDB 提供了一個(gè)在線查看功能結(jié)構(gòu)的平臺(tái)。但是功能不夠全面，沒有分析功能。
