library(ggplot2)

library(reshape2)

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#畫箱式圖，這里我畫的是基因表達樣本的箱線圖，首先導入數(shù)據(jù)，將數(shù)據(jù)調(diào)成行是基因名，縱是樣本名，數(shù)據(jù)為各個基因在樣本中的表達量

count = read.table("genecount.txt",header = T)

rownames(count) = count[,1]

count = count[-1]

#去掉在所有樣本中表達量為0的基因

count = count[which(rowSums(count)>0),]

#melt函數(shù)是對數(shù)據(jù)框進行轉化，variable.name和value.name是設置轉化后的列名，具體效果建議實操看一下

count = melt(count,variable.name = "sample",value.name = "value")

# 取log2值讓數(shù)據(jù)更集中

count$value = log2(count$value+1)

#data是要畫圖的數(shù)據(jù)，一個數(shù)據(jù)框，后面ase里的x和y分別代表畫圖時的橫坐標和縱坐標，fill=sample指按照樣本來填充顏色即不同的樣本使用不同的顏色

p <- ggplot(data = count,aes(x=sample,y=value,fill=sample))

#theme是給圖添加樣式，第一個是設置橫坐標的顯示形式，旋轉90度，即豎著顯示。后面兩個參數(shù)是設置橫縱坐標的名字

p1 <- p + geom_boxplot() + theme(axis.text.x = element_text(angle = 90)) + xlab(NULL) + ylab("log2(COUNT+1)")

p1

出來的結果是這樣的（坐標信息不方便讓大家看到，就遮掉了）