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- 富集分析泡泡圖
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十一之前，出了一期畫圖專輯：好色之旅-畫圖三字經(jīng)簡潔明快地總結(jié)了生信寶典推出的一系列畫圖相關(guān)文章，包括多種形式的熱圖、線圖、柱狀圖、箱線圖、泡泡圖、韋恩圖、進化樹、火山圖、生存分析等(點上面的鏈接還有美女相贈)，這些都是基于R代碼或簡便封裝的R腳本，便于學習和使用。另外還有Cytoscape和其它作圖工具以及圖形排版的介紹，是在家作圖、出門收藏的必備良品。
代碼很簡單，封裝很方便，但在使用時還是有不少朋友遇到不少問題，那么有沒有辦法不寫代碼就可以直接出圖，并且既簡單易用，又可定制，還能得到矢量圖。
神器來了，生信寶典團隊開發(fā)的在線繪圖工具E Chart(也請大家給起個名字)開始面向公測了，有問題或新增功能或用著不習慣的地方還請反饋。
圖形支持
設計有生信分析常見的14種圖，都已實現(xiàn)。(公測，無需注冊)
整體界面
初進入是網(wǎng)站展示和圖形Demo界面。輪播圖中貼心地提供了R中支持的顏色的名字和代碼，方便繪圖時查詢使用，用戶可點擊右上角按鈕全屏查看。下方每個Demo圖點擊都可進入相應繪圖頁面。
數(shù)據(jù)格式
輸入數(shù)據(jù)格式根據(jù)繪圖需要支持兩種格式，Wide format和Long format。
Wide format每一列為一個變量，更像常見的基因表達數(shù)據(jù)，比如每一行為一個基因，每一列為一個樣品，適合于中規(guī)中矩的矩陣，可讀性好。
Long format最簡單的格式是兩列，一列包含所有變量類型，如前面提到的樣品，一列包含所有值。常見的基因表達矩陣從Wide format轉(zhuǎn)換為Long format后有三列，一列為GeneID, 一列為樣品名字，再一列 (通常為value)為基因表達值，表示對應基因在對應樣品的表達量。這種格式方便程序處理，也適合不規(guī)則數(shù)據(jù)。
初使用此網(wǎng)站對輸入數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)不熟悉的用戶，可以試用給出的默認輸入數(shù)據(jù)，并仿照其格式編輯自己的數(shù)據(jù)。注意表格類輸入數(shù)據(jù)要以tab分割。
繪圖布局
繪圖頁面布局參照下圖，提供數(shù)據(jù)和必選參數(shù)就可提交了。如果想更多調(diào)整布局和增加元素，可在對應版塊針對性修改。成功繪出的圖片會顯示在頁面下方，并提供下載功能。繪制完后，可繼續(xù)調(diào)整參數(shù)，以使圖滿足需要。
線圖
線圖支持2種輸入格式，基因表達趨勢圖使用常見的Wide format，只是樣品為行，基因為列，在Excel中可以很輕松轉(zhuǎn)置；如果有需要，后期也會提供在線處理功能。
Wide format沒有必填的參數(shù)，輸入數(shù)據(jù)后，直接點擊Plot就可以出圖了。
再復雜一點，增加標題、X-軸、Y-軸標題，調(diào)整圖例位置和X軸旋轉(zhuǎn)，就得到了右邊的圖。(黃色字體為對應參數(shù)，綠色文字為參數(shù)設置的值)
線圖還支持長表格格式，需要特別注意的是value列是必須的，而且列的名字必須是value。這種格式下有必填項需要指定哪一列作為X軸X-axis variable和哪一列做分組信息 (圖例信息)Legend variable，同時需要指定X軸是數(shù)值類型Continuous還是字符串類型Discrete (數(shù)字可以做為數(shù)值處理，也可以作為字符串處理，根據(jù)圖形意義的需要來選擇)。然后就可以點擊Plot出圖了。
這個圖還可以繼續(xù)美化，比如增加垂線標記啟動子區(qū)域，橫軸改為生物含義的標示，線可在不違反趨勢的條件下更圓潤一些，更改線的顏色和排列順序等。注意使用到的符號為英文符號，顏色可以是名字 (見首頁顏色表)，也可以是顏色代碼 (顏色參數(shù)旁邊有個調(diào)色板，可獲取顏色代碼，寫入顏色設置框中)。
富集分析泡泡圖
富集分析泡泡圖只需要輸入Long format的輸入格式，也是之前推薦的富集分析工具去東方，最好用的在線GO富集分析工具和GO、GSEA富集分析一網(wǎng)打進直接輸出的格式。
輸入數(shù)據(jù)后，必須填入的參數(shù)為X-軸類型，X-軸信息所在列名字，Y-軸信息所在列名字，點的顏色變量和大小變量，具體見下圖標識 (黃色字體為對應參數(shù)，綠色為參數(shù)設置的值)或按網(wǎng)頁提示填寫即可，直接點擊Plot就可以出圖了。
若只有一組數(shù)據(jù)，X-axis variable一般選擇GeneRatio (continuous variable)；若有多組數(shù)據(jù)，X-axis一般選擇SampleGroup (用于標識分組的列)。
這是另外一種情況，同時用上了GeneRatio作為X-axis variable，SampleGroup作為Shape variable，并且改變了點的顏色等。
熱圖
熱圖的輸入數(shù)據(jù)主要包括Data matrix (wide format)和Annotation matrix兩部分(注釋不是必須的)。
最簡單情況下，只需要輸入數(shù)據(jù)矩陣，點擊Plot就可以出圖了。
還可以選擇是否需要按行或列聚類，X-軸標記傾斜角度，是否進行標準化和更改顏色。
顏色設置有多種方式，可以提供兩個邊界顏色 (white,blue (colortype設置為continuous，表示最小值為白色，最大值為藍色，生成一系列的色階))；如果只有有限的數(shù)，想單獨賦給顏色，可以選擇colortype為Discrete。
另外一個重要功能是添加注釋和更改注釋項的顏色，添加注釋比較簡單，如果是行注釋，那么文件的第一列與Data matrix的第一列內(nèi)容一致；如果是列注釋，文件第一列與Data matrix的第一行內(nèi)容一致，其它的列根據(jù)分組信息自由標記就好。系統(tǒng)會自動給注釋賦值顏色，通常都是足夠使用的。
如果想自定義顏色，就復雜一些了，按圖中的示例，連續(xù)型變量Count需要賦值一個顏色向量，表示對Count列的值從小到大顏色賦值為white到red。離散型變量Type，則需要對每個值分別指定顏色。Type和Count都是注釋矩陣中的列名字，需要根據(jù)需要修改。如果是離散變量，每個值也需要修改。
箱線圖
只需要輸入數(shù)據(jù)矩陣，指定分組變量(Legend variable)和數(shù)據(jù)列(Y-axis variable)就可以了。
美化一點，調(diào)整下圖例位置，box方向，X、Y、Title等，Box類型
如果數(shù)據(jù)有亞組，則需同時指定橫軸變量 (X-axis variable)、亞組變量 (Legend variable)、縱軸變量 (Y-axis variable)。
散點圖
比較直觀，指定哪一列做橫軸、縱軸、用于上色、形狀、大小 (大小除了可以是某一列，也可以是一個數(shù)字)
柱狀圖
只需要輸入符合格式的數(shù)據(jù)，就可以出圖了
如果需要顯示Error-bar，則需要使用Long format，并且指定哪一列數(shù)據(jù)是平均值, 哪一列是標準差。
火山圖
最少需要2列數(shù)據(jù)，設置下閾值，就可以了。
也可以提供計算好的差異基因，如果需要標記基因，則需提供一列 (列內(nèi)的非’-‘都會被標記)
維恩圖
直接上圖吧
UpsetView
更多集合的維恩圖時，推薦使用
共表達密度圖
輸入常規(guī)矩陣就可以
直方圖
PCA
生信寶典培訓班
生信寶典系列培訓班開班了，前兩期已經(jīng)完成，視頻課程詳見培訓網(wǎng)站 (www.ehbio.com/Training)。
三段式培訓模式，教-學-練-答充分結(jié)合，不怕你學不會，就怕你不努力。
如果你覺得路途遙遠或者沒有你想了解的課程，歡迎給我們反饋，所有一切都在培訓網(wǎng)站操作。
激動人心的訪問地址
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生信寶典，一起學生信
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生信寶典，生物信息學習系列教程，轉(zhuǎn)錄組，宏基因組，外顯子組，R作圖，Python學習，Cytoscape視頻教程
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