rPlotter
非常方便的在圖片中抽提顏色
devEMF
Rstudio不能夠直接輸出emf格式圖片，借助devEMF包可以實現(xiàn)
簡單用法
library(devEMF)
emf("bar.emf")
plot(1,1)
dev.off()
或者借助savePlot()函數(shù)在原生的Rgui中運行
library(ggplot2)
ggplot()+geom_point(aes(x=1,y=1))
savePlot(filename="practice",type="emf")#文件名不用添加后綴
SRAdb
在生信技能樹論壇閑逛的時候發(fā)現(xiàn)有人分享的文章，自己記錄下來，可能會用到；這個包用來下載測序的原始數(shù)據(jù)文件，之前自己都是用Aspera來下載，速度很快，不知道這個R包的下載速度如何，有機會嘗試一下；使用bioconductor安裝，使用方法可以參考幫助文檔
diagram
visualising simple graphs, flowcharts, and webs
GDCRNATools
看到簡書作者 土豆學(xué)生信 分享的文章 TCGA工具-GDCRNATools學(xué)習(xí)筆記 。記錄的原因是看到文章里非常漂亮的熱圖，可能會用的到。
export 包
Y叔公眾號biobabble分享的文章《我不會用illustrator，只會用PPT》，主要功能是可以將R生成的圖片導(dǎo)出為ppt, word, excel等格式
ballr
可以抓取NBA的數(shù)據(jù)
pacMethods
A collection of PCA methods http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/pcaMethods.html
ggbiplot
https://github.com/vqv/ggbiplot 展示PCA分析結(jié)果，出圖非常漂亮 https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/78863454 詳細(xì)介紹
skimr
skim()函數(shù)簡單理解是summary()函數(shù)升級版
ggstatsplot
Y叔公眾號 biobabble 分享的文章《一條指令把統(tǒng)計+畫圖都給做了？似乎太美好！》推薦 ggstatsplot，吐槽 ggpubr
vcfR
vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and quality filter data in VCF files.
https://knausb.github.io/vcfR_documentation/ 幫助文檔
haplotypes
單倍型網(wǎng)絡(luò) Manipulating DNA Sequences and Estimating Unambiguous Haplotype Network with Statistical Parsimony
(啥是單倍型還是不知道呀！)
pegas
Population and Evolutionary Genetics Analysis System (有人說可以做單倍型網(wǎng)絡(luò))
easyPubMed
Search and Retrieve Scientific Publication Records from PubMed
生信技能樹微信公眾號推送文章介紹詳細(xì)使用方法，可以通過指定關(guān)鍵詞檢索論文
learnPopGen
learnPopGen is intended for teaching and learning important concepts in population genetics, evolutionary biology, quantitative genetics, statistics, and evolutionary theory.
PopGenome
群體基因組學(xué)分析可能會用到
eoffice
Export or Graph and Tables to 'Microsoft' Office and Import Figures and Tables
整個包好像有一個函數(shù)可以抽取pdf文件的配色，比如某篇論文的圖片配色非常喜歡，可以直接提取并且用到自己想畫的圖中——infigure
ggridges
Geoms to make ridgeline plots with ggplot2 山脊圖
介紹https://cran.r-project.org/web/packages/ggridges/vignettes/introduction.html
rentrez
allowing users to gather and combine data from multiple NCBI databases in the comfort of an R session or script.
VennDetail
用來畫韋恩圖的包，但是自己的R版本是3.4.2，暫時還不能夠安裝
重新試了一下，使用函數(shù)install_github()可以安裝
R-cmplot
https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 用來畫曼哈頓圖的R包
ggplotify
Y叔出品，將圖轉(zhuǎn)換成ggplot對象，然后使用cowplot()函數(shù)畫圖
eulerr
畫韋恩圖，好像各部分是按比例來的
ggtext
Y叔公眾號biobabble推薦，cowplot作者的新包，支持使用markdown/html語法畫文本
factoextra
主成分分析結(jié)果可視化包，結(jié)果圖片非常好看。教程http://www.sthda.com/english/articles/31-principal-component-methods-in-r-practical-guide/112-pca-principal-component-analysis-essentials/
聚類樹圖也可以很好看
https://www.cnblogs.com/payton/p/6418755.html
GOplot
可視化GO注釋結(jié)果
chorddiag
弦圖
devtools::install_github("mattflor/chorddiag")
ggmsa
可視化多序列比對結(jié)果，暫時還沒搞懂怎么用
ggVennDiagram
韋恩圖
ggchicklet
圓角柱形圖 Sometimes it is useful to stylize column charts a bit more than just bland rectangles. Methods are provided to create rounded rectangle segmented column charts chicklet查了一下，只找到了少婦，小姑娘的意思，為什么會用這個名字呢？下面是幫助文檔里的例子
hrbrthemes
為ggplot2補充一些主題，好像主要是字體方面的，幫助文檔中的一個例子
FactoMineR
多變量探索性數(shù)據(jù)分析
rMVP
全基因組學(xué)關(guān)聯(lián)分析 github主頁https://github.com/xiaolei-lab/rMVP
adegenet
教程地址 https://github.com/thibautjombart/adegenet/wiki/Tutorials
baidumap
devtools::install_github('badbye/baidumap')
library(baidumap)
options(baidumap.key = '百度地圖API')
getCoordinate("江蘇省南京市",formatted=T)
longtitude latitude
118.80242 32.06465
查詢城市經(jīng)緯度
hchinamap
畫地圖
install.packages("hchinamap")
help(package="hchinamap")
dir<-tempdir()
download.file('https://czxb.github.io/br/chinadf.rda', file.path(dir, 'chinadf.rda'))
load(file.path(dir,'chinadf.rda'),verbose=T)
chinadf[1:20,]
table(chinadf$name)
library(dplyr)
library(hchinamap)
china<-chinadf%>%
dplyr::filter(region=="China")
china
hchinamap(name=china$name,value=china$value)
ggcor
相關(guān)性可視化
https://github.com/houyunhuang/ggcor
歡迎大家關(guān)注我的公眾號
小明的數(shù)據(jù)分析筆記本
