一、下載Synechococcus elongatus UTEX 2973（accession no.為GCA_000817325.1 ）的基因組注釋文件，統(tǒng)計其中染色體序列(CP006471.1)前10kb有幾個基因（gene)？

要求：只能使用一行shell命令，并將shell命令寫和基因數(shù)目寫在答案處。

登錄NCBI官網(wǎng)https://www.ncbi.nlm.nih.gov

粘貼鏈接，下載文件

ls

查看文件

gunzip

解壓

grep 'CP006471.1' GCA_000817325.1_ASM81732v1_genomic.gff |awk -v FS='\t'

-v OFS='\t' '{if($5<10000){print $5}}'|sort|uniq|wc -l? #錯誤，抓取的特定字符前未加^，導致中間出現(xiàn)特殊字符的基因也被統(tǒng)計進入，結(jié)果出錯，應只要首字符為特定字符的序列

抓取結(jié)果為10

grep '^CP006471.1' GCA_000817325.1_ASM81732v1_genomic.gff |awk -v FS='\t' -v OFS='\t' '{if($5<10240){print$5}}'|sort|uniq

查看抓取內(nèi)容大小

grep '^CP006471.1' GCA_000817325.1_ASM81732v1_genomic.gff |awk -v FS='\t' -v OFS='\t' '{if($5<10240){print$5}}'|sort|uniq|wc -l??? #"grep' ' "抓取特定字符，F(xiàn)S表示如何切割文件

查看抓取序列數(shù)量

二、請按源代碼編譯安裝的方式安裝Hisat2軟件；

1）軟件源碼下載地址：ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-source.zip

2）安裝說明：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#building-from-source

請將安裝完成后的界面截圖或出錯的界面截圖放在答案處。

（1）cp /disk1/shares/hisat2-2.2.0-source.zip ./

拷貝文件到當前目錄

(2)cd hisat2-2.2.0

進入

(3)make

編譯

編譯成功

hisat2 -h

查看版本

2、錯誤

（1）查看文件目錄

已經(jīng)解壓

出錯

已經(jīng)解壓，是否更新

出錯

三、請以apt-get軟件包方式安裝Hisat2軟件。并將安裝成功的界面截圖貼在答案處。

選y

更新apt-get

安裝軟件，選Y

安裝成功

查看

安裝成功

錯誤情況

找不到，解決辦法：重新安裝

四、請按課件說明安裝anaconda；并運行conda --version將返回的界面截圖貼在答案處。

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh

通過鏈接下載

cp /disk1/shares/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh ./

將文件復制到當前目錄

sh Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh

執(zhí)行，按ENTER鍵繼續(xù)，直到出現(xiàn)yes或no

選yes

按enter

等待安裝

等待安裝

回復no

安裝完成

已經(jīng)安裝成功，接下來修改環(huán)境變量

echo 'export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH' >>~/.bashrc

修改環(huán)境變量

source ~/.bashrc #重新執(zhí)行環(huán)境變量

重新執(zhí)行環(huán)境變量

conda --version

查看版本

錯誤情況

找不到conda,原因：下載安裝過程中斷，出現(xiàn)問題，解決辦法：在目錄中刪除已下載文件，再重新下載。