常用參考基因組數(shù)據(jù)庫(kù)

1、Ensembl

是由 European Bioinformatics Institute（EBI）與Wellcome Trust Sanger Institute（WTSI）共同合作開發(fā)的數(shù)據(jù)庫(kù)項(xiàng)目。涵蓋大量物種的參考基因組信息，并且數(shù)據(jù)更新及時(shí)，是參考基因組下載的好選擇。

http://www.ensembl.org/index.html

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2、NCBI

是National Centerfor Biotechnology Information的縮寫，指美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心。NCBI的全面和強(qiáng)大，相信大家都深有感觸，NCBI在參考基因組信息分享上同樣表現(xiàn)出色。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/submit-sequence-data

3、UCSC能查找到的數(shù)據(jù)有限，使用率比不上前兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)。

http://genome.ucsc.edu

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4、Private Database在以上數(shù)據(jù)庫(kù)查找不到的參考基因組，還可以嘗試一些Private Database。例如JGI（Phytozome），可用于植物參考基因組的查找。

http://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

5、FlyBase

對(duì)于模式生物，一些比較個(gè)性化的網(wǎng)站也非常實(shí)用。例如 FlyBase ， 整合了果蠅遺傳和基因組數(shù)據(jù)，并提供了基因和分子水平的檢索和可視化，目前網(wǎng)站的 Beta 版本也已經(jīng)上線。

http://flybase.org/

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補(bǔ)充

分享一下常用物種的參考基因組數(shù)據(jù)下載網(wǎng)址：

illumina的iGenomes打包了各物種齊全的參考數(shù)據(jù)信息：

https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html

三大基因組數(shù)據(jù)庫(kù)基因組各種版本對(duì)應(yīng)關(guān)系（生信菜鳥團(tuán)博客）：

http://www.bio-info-trainee.com/1469.html

查找參考基因組方法

不同數(shù)據(jù)庫(kù)下載的基因組數(shù)據(jù)略有差異，主要是體現(xiàn)在版本的編號(hào)，序列id的命名等，但在編碼序列上是一致的。另外，不同數(shù)據(jù)庫(kù)提供的注釋文件格式不同，在進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換時(shí)，要保證基因組的版本號(hào)一致。這里簡(jiǎn)單介紹舉例幾種方法：

1.Ensemble：

適用于動(dòng)物參考基因組查找，網(wǎng)站也包括動(dòng)物、植物及真菌基因組等；

第一種方法：

（1）進(jìn)入Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)是這樣的：

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（2）點(diǎn)擊View full list of all Ensembl species，進(jìn)入以物種名稱排序的數(shù)據(jù)列表：

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（3）如果列表中含有目標(biāo)物種，可直接點(diǎn)擊名稱進(jìn)入；如沒有目標(biāo)物種，需要在空白框“Filter”中輸入物種英文名。例如輸入“dolphin”，將會(huì)篩選留下該物種的數(shù)據(jù)信息，界面如下：

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（4）點(diǎn)擊物種名稱，進(jìn)入如下界面：

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（5）點(diǎn)擊Download DNA sequences（FASTA），現(xiàn)在進(jìn)入的就是參考基因組的下載頁(yè)面啦！

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后綴為toplevel.fa.gz的壓縮文件，即為我們要下載的該物種全基因組序列，點(diǎn)擊即可馬上下載，該數(shù)據(jù)可直接用于該物種的重測(cè)序研究。

第二種方法

通過Downloads進(jìn)入：如果您想要一次下載多個(gè)參考基因組數(shù)據(jù)，那么建議選擇第二種方法。

（1）首先進(jìn)入Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)，找到Downloads：

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（2）然后點(diǎn)擊Downloads，進(jìn)入如下頁(yè)面：

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（3）點(diǎn)擊右側(cè)的“Download data via FTP”，進(jìn)入FTP Download界面：

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（4）點(diǎn)擊FTP site，進(jìn)入ftp://ftp.ensembl.org/pub/ 的索引頁(yè)面，我們現(xiàn)在已經(jīng)離參考基因組越來(lái)越近啦！

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下拉，可以看到有多個(gè)參考基因組數(shù)據(jù)版本可供選擇，不同版本之間差異微小。

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（5）我們以release-79版本為例，進(jìn)行介紹。點(diǎn)擊release-79， 出現(xiàn)如下界面：

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（6）點(diǎn)擊fasta，進(jìn)入ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-79/fasta/的索引頁(yè)面，會(huì)出現(xiàn)以不同物種拉丁名命名的文件包。

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（7）點(diǎn)擊您感興趣的物種，進(jìn)入該物種的文件包?？筛鶕?jù)您的需求選擇數(shù)據(jù)，如果打算進(jìn)行重測(cè)序研究，則點(diǎn)擊進(jìn)入dna文件包。

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（8）后綴為toplevel.fa.gz的壓縮文件，即為我們要找的該物種全基因組序列，點(diǎn)擊即可馬上下載，該序列可直接用來(lái)進(jìn)行后續(xù)的重測(cè)序研究。

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2.JGI（Phytozome）

適用于植物參考基因組查找，網(wǎng)站也包括動(dòng)物等其他物種，這個(gè)網(wǎng)站植物基因組更新比較快，動(dòng)物基因組更新較慢

（1）打開網(wǎng)址：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#；點(diǎn)擊“species”（如下圖）或者點(diǎn)擊紅色框中的圖片，再輸入基因序列號(hào)即可查找到序列:

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（2）植物有參考基因組的物種數(shù)不是很多，直接在species中也可以查看，可不需要搜索。如果這個(gè)網(wǎng)站沒有對(duì)應(yīng)的參考基因組，則需要去NCBI上試試看。

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（3）點(diǎn)擊download下載數(shù)據(jù)：

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PS：這個(gè)數(shù)據(jù)也可以進(jìn)行一些其他的分析，如下圖：

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小結(jié)

動(dòng)物和植物的參考基因組查找就講完了，以上兩個(gè)網(wǎng)站基本包括了目前已有參考基因組的物種，如還想確認(rèn)，可進(jìn)入NCBI查詢。

3.NCBI查詢

這種方法也比較簡(jiǎn)單，下拉框中選擇“Genome”，在搜索框中輸入物種名，根據(jù)得到的結(jié)果選定你需要的基因(紅色框標(biāo)記內(nèi)容)，打開查看或者下載就好了。

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參考文章：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&mid=2247484413&idx=1&sn=e6371faadd979fad48cd0e01cdd157e3&scene=21#wechat_redirect