??上一篇文章寫了bowtie2和bwa的比較，發(fā)完之后立刻被師姐批評指正了，然后師姐又給我補(bǔ)充了一個知識，就是不同軟件都有它的最佳線程數(shù)，不是線程越高就跑的越快，直接一個軟件定個24線程是不合理的。至于這個最佳線程數(shù)是多少，說明書要是沒有的話，要么自己評測，要么問問作者。
??我看了bwa的說明書，沒有相關(guān)說明，粗略的查了一下帖子也沒看到。讓我自己評測一下bwa的速度，我是嫌麻煩的，于是我就嘗試著評測一下fastqc。因?yàn)橐婚_始我就是加大了這個的使用線程，也沒考慮是不是有必要，而且這個速度也快，操作也方便，所以做個簡單的速度測試。
??軟件是fastqc，選用的對象是一個cleaned data，還是比較大的，測試腳本如下：
$ time fastqc -o singleout1/ -t 1 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout3/ -t 3 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout6/ -t 6 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout8/ -t 8 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout12/ -t 12 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout16/ -t 16 1.fq.gz
$ time fastqc -o singleout24/ -t 24 1.fq.gz
??結(jié)果如下：
1線程
3線程
6線程
8線程
12線程
16線程
24線程
??看到這個結(jié)果，我……有點(diǎn)吃驚的，居然都是一樣的。那我腳本里寫那么大的線程意義何在？
??所以我又加了一個測試，測試多個樣本下的不同線程的速度，當(dāng)前文件夾下有4個fq文件。測試腳本如下：
$ time fastqc -o allout1/ -t 1 *.fq.gz
$ time fastqc -o allout6/ -t 6 *.fq.gz
$ time fastqc -o allout12/ -t 12 *.fq.gz
??結(jié)果如下：
12線程
6線程
1線程
??我想大家已經(jīng)看出來了，對于單個樣本，fastqc每增加一個線程并不改變運(yùn)行速度，但是對于多個輸入文件，每增加一個線程會多并行跑一個輸入文件，就是說，比如輸入四個文件，四線程會同時跑四個文件，單線程只能一個一個跑。
??能得到一個結(jié)論還是挺開心的，那么以后在fastqc線程選擇的時候也就知道多少的線程數(shù)是有必要的。
??水平有限，要是存在什么錯誤請?jiān)u論指出！請大家多多批評指正，相互交流，共同成長，謝謝！??！
