Cytoscape

1. 官網(wǎng)

https://cytoscape.org/index.html

2. GitHub

https://github.com/cytoscape/cytoscape

3. 教程

https://zhuanlan.zhihu.com/p/220527695

http://www.bio-info-trainee.com/tag/cytoscape

http://www.itdecent.cn/p/c0730a5285d1
http://www.itdecent.cn/p/1d9b3e7e229b
http://www.itdecent.cn/p/6e60b720a8f0

4. 使用

4.1 在Linux系統(tǒng)下打開Cytoscape

bash /path/to/cytoscape.sh

4.2 導入數(shù)據(jù)

導入表格形式的數(shù)據(jù)：
File -> Import -> Network From File

導入以后一定對導入數(shù)據(jù)每一列的屬性進行規(guī)定：


選擇node屬性

選擇edge屬性

4.3 對edge樣式進行調(diào)節(jié)

此例中調(diào)整為edge的顏色和寬度隨著weight數(shù)量而變動：

調(diào)整edge的顏色隨著weight數(shù)量而變動:

調(diào)整edge的顏色隨著weight數(shù)量而變動

調(diào)整edge的寬度隨著weight數(shù)量而變動:

調(diào)整edge的寬度隨著weight數(shù)量而變動

5. Cytoscope App Store

https://apps.cytoscape.org/

Cytoscope App Store

6. 插件

6.1 GeneMANIA

http://genemania.org/
http://www.360doc.com/content/18/0410/10/42030643_744385259.shtml

6.2 iRegulon

https://cloud.tencent.com/developer/article/1854018
http://www.itdecent.cn/p/51d9e2143fb7
https://zhuanlan.zhihu.com/p/156613539
http://www.360doc.com/content/18/0524/11/42030643_756605046.shtml

7. 向已有網(wǎng)路中導入新的一列

    1. 要注意用來mapping的一列保持一致，不要有缺少的項
    1. 主要在創(chuàng)建新導入的列時，謹慎選擇正確的列類型；程序并不會根據(jù)實際情況來識別，只能自己在創(chuàng)建的時候規(guī)定好列類型
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