寫在前面
很久以前，參考NG86計算邏輯提出的文章，我在TBtools中寫了Simple Ka/Ks Calculator，旨在理解算法，具體可見 《批量計算dn/ds，粗略篩選正選擇？所有人-技能Get !》。近期，不時有人在 TBtools 群提出，TBtools 的 Simple Ka/Ks Calculator 計算出來的有一堆 NaN。Emmm，這是一個比較有趣的事情。有趣之處有二：
- TBtools中幾乎每一個功能，我都會在從頭實現(xiàn)算法之后，拿一些軟件的運行結(jié)果進行比較。針對 Ka/Ks 的計算，我拿了 DNAsp 和 KaKs_Calculator2 的結(jié)果與TBtools的結(jié)果進行比較，無出入。
- 曾經(jīng)有人提出 TBtools 的計算存在問題，經(jīng)過一堆比較，TBtools的結(jié)果反而是對的。具體可見推文《Ks值用TBtools計算不出來？講一個故事》。
但是今天的情況有所不同。一般十來個基因?qū)Γ敲从袃扇齻€NaN可以理解。如果全部都是 NaN，那就要引起重視。如
不是用戶使用問題
我要來數(shù)據(jù)，隨后自己使用 TBtools 最新版本進行計算，結(jié)果與該用戶的結(jié)果一致。
說明不是用戶使用問題。
不是 TBtools 實現(xiàn)邏輯問題
既然如何，那么就有可能是 TBtools 的算法實現(xiàn)邏輯問題。為此，我直接讓 TBtools 輸出 AXT 格式的比對結(jié)果。隨后使用 章張老師 的 KaKs_Calculator 計算，結(jié)果如下。
換句話說，至少在 Ka/Ks 的計算上，TBtools 完全沒問題。
那么還存在一個可能，是不是 Codon Alignment 出現(xiàn)了問題？于是我拿了一個基因?qū)?，使?Mega 進行 Codon Alignment，隨后導(dǎo)出結(jié)果。再使用 KaKs_Calculator 進行結(jié)算，
結(jié)果與前述一致。
序列距離（差異）太大，導(dǎo)致計算出錯
回到 TBtools 計算源碼，在 Java 的數(shù)值計算中，除非是NaN參與運算，才會得到 NaN。那是咋回事？
重新過了一遍，發(fā)現(xiàn)問題應(yīng)該是在 JC69 模型應(yīng)用上。
當(dāng) pS 大于等于 3/4 的時候，計算結(jié)果就會得到負(fù)值。換成生物學(xué)角度，那就是...絕大部分可發(fā)生同義突變位點都發(fā)生了同義突變，亦即，序列分歧度太大，進化距離很遠。
為此.... 我繼續(xù)對 TBtools 做個改進，當(dāng)計算出來的 pS>=3/4，補充一個信息，說明原因...那就不會有用戶問我了。
寫在后面
Emmm，有時候我覺得，之所以總是有用戶提出問題，是因為大家能直接接觸到我。畢竟為什么同樣的問題，似乎沒有人會去問其他軟件開發(fā)的人呢？還是因為我不知道？
或者說，我太貼心了？哈哈哈哈哈哈哈啊哈哈哈啊哈
