導(dǎo)讀：分子相互作用網(wǎng)絡(luò)圖揭示了細(xì)胞內(nèi)部分子間的復(fù)雜相互作用。通過(guò)識(shí)別網(wǎng)絡(luò)中密集連接的節(jié)點(diǎn)所形成的社區(qū)（community），可以揭示它們之間以前未知的功能聯(lián)系。這些社區(qū)可能代表了具有共同功能的功能模塊，對(duì)于理解細(xì)胞生物學(xué)過(guò)程、疾病機(jī)制以及藥物靶點(diǎn)的識(shí)別具有重要的科學(xué)和臨床價(jià)值。

《Clinical and Translational Medicine》文章“Whole-transcriptome sequencing uncovers core regulatory modules and gene signatures of human fetal growth restriction”fig 4D的lncRNA-mRNA-miRNA網(wǎng)絡(luò)圖揭示了三種分子間的復(fù)雜調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，并將整個(gè)網(wǎng)絡(luò)圖分成了不同的community，視覺上更有層次感。

本文以蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)為例，展示了如何使用微生信云平臺(tái)在線繪制帶community的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)圖。

1，打開作圖URL

https://www.bioinformatics.com.cn/basic_protein_protein_interaction_network_by_igraph_256

2，示例數(shù)據(jù)

點(diǎn)擊圖片上方的示例數(shù)據(jù)，下載，并使用excel打開。

示例數(shù)據(jù)包括2列：

第1列是來(lái)源（source）節(jié)點(diǎn)的名字

第2列是靶（target）節(jié)點(diǎn)的名字

第3列是相互作用的score，來(lái)自stringdb數(shù)據(jù)庫(kù)輸出結(jié)果的最后一列。

當(dāng)然，輸入也可以是其他能夠以網(wǎng)絡(luò)形式展示的兩列名字，和表征它們之間關(guān)系強(qiáng)度的數(shù)值，例如相關(guān)性等。

3，輸入檢查

示例數(shù)據(jù)：點(diǎn)擊輸入框下面的“示例”按鈕，將載入示例數(shù)據(jù)。

真實(shí)數(shù)據(jù)：數(shù)據(jù)放在excel中，調(diào)整好后，Ctrl+A選中數(shù)據(jù)，Ctrl+C拷貝，Ctrl+V粘貼數(shù)據(jù)到輸入框中。

然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對(duì)輸入數(shù)據(jù)進(jìn)行檢查。若檢查不通過(guò)，請(qǐng)根據(jù)檢查提示重復(fù)【修改-輸入檢查】步驟，直到檢查通過(guò)（如下圖所示），然后可以繼續(xù)選擇參數(shù)。

注：輸入檢查是新加功能，它會(huì)根據(jù)不同模塊的輸入要求，逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù)，并給出提示，確保數(shù)據(jù)符合模塊輸入要求。

4，選擇參數(shù)

圖片大小：設(shè)置了圖片寬度，高度

節(jié)點(diǎn)相關(guān)：

設(shè)置了節(jié)點(diǎn)的基礎(chǔ)大小，節(jié)點(diǎn)大小系數(shù)，節(jié)點(diǎn)的顏色和節(jié)點(diǎn)邊的顏色。

節(jié)點(diǎn)的大小計(jì)算公式為：節(jié)點(diǎn)基礎(chǔ)大小+圖中每個(gè)節(jié)點(diǎn)的連線（degree）數(shù)*節(jié)點(diǎn)大小系數(shù)。例如，節(jié)點(diǎn)基礎(chǔ)大小設(shè)置為5，節(jié)點(diǎn)系數(shù)設(shè)置為2，則degree為2的節(jié)點(diǎn)的大小就是5+2*2=9，degree為3的節(jié)點(diǎn)的大小就是5+3*2。若節(jié)點(diǎn)系數(shù)設(shè)置為0，則所有點(diǎn)大小均一樣。

邊相關(guān)：

設(shè)置了邊的基礎(chǔ)大小，邊大小系數(shù)，邊顏色

邊的大?。创旨?xì)）計(jì)算公式為：邊的基礎(chǔ)大小+輸入數(shù)據(jù)第3列*邊大小系數(shù)。例如邊的基礎(chǔ)大小設(shè)置為1，邊的系數(shù)設(shè)置為2，則輸入第3列為1的邊的大小就是1+1*2=3，輸入第3列為0.5的邊的大小就是1+0.5*2=2。若節(jié)點(diǎn)系數(shù)設(shè)置為0，或者輸入數(shù)據(jù)只有兩列，則所有連線大小均一樣。

標(biāo)注相關(guān)：

設(shè)置了標(biāo)注文字的大小和標(biāo)注文字的顏色

是否按照community繪圖：

若按照community繪圖，則同一個(gè)community的節(jié)點(diǎn)會(huì)被圈起來(lái)

布局：

設(shè)置了多種布局方式，默認(rèn)自動(dòng)選擇最佳布局，還可以是圓形布局，星型布局，網(wǎng)格布局等等

連線線型：

設(shè)置了實(shí)線（-------），虛線（- - - -），點(diǎn)線（. . . .）和點(diǎn)虛線（.- .- .-）

字體：設(shè)置了期刊雜志中最常用的兩種字體：Times New Roman和Arial。如需使用其他字體，可以下載pdf或者svg圖片，然后使用acrobat illustrator進(jìn)行替換或者添加文字

5，提交出圖

檢查通過(guò)，并且參數(shù)選好后，點(diǎn)擊“提交”按鈕，約3s后，會(huì)在頁(yè)面上顯示帶community的彩色PPI相互作用網(wǎng)絡(luò)圖。我們提供了pdf、svg兩種矢量圖，png、tiff兩種標(biāo)量圖供大家下載使用?？梢允褂胊crobat illustrator等軟件編輯矢量圖，進(jìn)行組圖，調(diào)整文字位置，添加說(shuō)明等操作，以滿足個(gè)性化需求。

提供了多種布局，和不帶community的繪圖方式。

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