細胞內的蛋白之間的相互作用關系能方便我們了解蛋白如何在細胞中以協(xié)調方式運作。PPI對單個蛋白功能至關重要，它能形成各種細胞通路，也參與疾病的發(fā)生發(fā)展。PPI數(shù)據(jù)直接用于識別蛋白多聚復合體和預測蛋白功能，也可用于藥物設計。
到底是什么工具可以幫我們做PPI分析？
String數(shù)據(jù)庫是一個在線搜索已知蛋白之間和預測蛋白質之間互作關系的數(shù)據(jù)庫。它除了包含有實驗數(shù)據(jù)、從PubMed摘要中挖掘的結果和綜合其他數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)外，還利用了生物信息學方法預測的結果。
那String數(shù)據(jù)庫可以做什么樣的研究呢？
可參閱這篇去年印度的科研團隊在《Bioinformation》在線發(fā)表的文章“Protein-Protein interaction network analyses of human WNT proteins involved in neural development”，看摘要，就能知道他們也曾利用過String數(shù)據(jù)庫挖掘WNT3a, WNT5a 和?WNT7b各種數(shù)據(jù)信息，并分析這三種蛋白如何參與到人類神經細胞發(fā)育的。
https://doi.org/10.6026/97320630015307
接下來小編將給大家簡要介紹String數(shù)據(jù)庫如何使用。
我們可以通過蛋白名稱、蛋白序列、蛋白家族等方式進行搜索。下面以“人源BAI3蛋白”為例：
首先在這里輸入“bai3”，再點擊“搜尋”。
頁面跳轉后，你會看到不同來源的bai3，有人類、鼠類。這里要搜尋“人源bai3蛋白”，于是小編這樣選擇。
頁面就出現(xiàn)了一個網狀結構圖，這代表著bai3蛋白同時與CQ1L3、ELMO1等蛋白具有相互作用關系。圖中每個節(jié)點代表一個蛋白，在默認情況下節(jié)點的顏色分為紅色和白色，紅色代表你要查詢的蛋白，白色代表與查詢蛋白具有互作關系的其他蛋白。然而String會根據(jù)與蛋白互作關系的分值對顏色進行映射。而不同顏色的線代表著蛋白與蛋白之間是如何相互作用的，如融合在一起、相鄰靠在一起、共表達等。
在“Legend”頁面，可以看到每個蛋白的顏色和其對應的分值，以及每個蛋白的功能。示意圖如下：
還可直接點擊圓圈節(jié)點，就能看到蛋白的具體信息，如下圖：
點擊圓圈之間的線，就能知道兩種蛋白之間的互作關系。如下圖：
在“Export”頁面，你可以導出相互作用網絡的圖片，支持PNG、SVG格式，也可導出對應的相互作用的表格和蛋白序列、注釋等信息，如下圖：
若你想了解同行有沒有做過跟bai3有關的研究，你還可點擊這個，進一步閱讀。
如你有多個感興趣的目標蛋白，想查看它們之間的互作關系，可以在搜索界面選擇多個蛋白進行搜索。
需要注意的是，如果我們輸入的是單個蛋白質名稱，數(shù)據(jù)庫將會輸出與該蛋白質互作的所有蛋白質的互作圖；但如果我們一次輸入多個蛋白質名稱或者序列，數(shù)據(jù)庫將只輸出蛋白質之間的互作網絡圖。
今天就介紹到這里，希望能幫大家用生信方法做SCI論文。
