1.設(shè)置CRAN鏡像

options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")

2.安裝BiocManager

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("")
BiocManager::install(version = "3.12")

注意:BiocManager與Rstudio版本的對應(yīng)關(guān)系，version = "3.12"適用于Rstudio4.0以上的版本
2.1 BiocManager安裝R包

BiocManager::install("GEOquery")

2.2聯(lián)網(wǎng)問題

## 打不開的  options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

連接打不開，所以直接用默認(rèn)的會(huì)比較好

3 無法聯(lián)網(wǎng)，配置網(wǎng)絡(luò)

options(download.file.method = 'libcurl')#第一種

options(download.file.method = 'libcurl')#第二種
options(url.method='libcurl')

4 批量安裝R包，由于依賴包的關(guān)系，出現(xiàn)錯(cuò)誤。
實(shí)在安裝不上的就手動(dòng)安裝啦

搜索R包名稱，推薦使用bing搜索

選擇相應(yīng)的版本進(jìn)行下載，推薦Motrix或迅雷下載

點(diǎn)擊Rstudio的install

選擇完成后點(diǎn)擊install,等待安裝即可

我的問題是下載R包顯示無法聯(lián)網(wǎng)，試了很多方法，換了多個(gè)鏡像也不可以，最后直接重裝Rstudio按照上述的版本就可以了。不過下載速度還是有些慢，還有部分無法安裝的就直接手動(dòng)安裝了。

還有就是由多個(gè)依賴包的時(shí)候，根據(jù)提示就缺啥補(bǔ)啥啦。

弄了好久，有點(diǎn)心塞，允悲。