NJ樹構(gòu)建（splitstree）

cd /mnt/d/peng/climate/paper-climate/climate-1/NJtree
plink --file 72breeds --indep-pairwise 100 25 0.05 --chr-set 29 --out goatld0.2
plink --file 72breeds --indep-pairwise 100 50 0.05 --chr-set 29 --out goatld50
plink --file 72breeds --extract goatld50.prune.in --chr-set 29 --recode --out goatforpca

用spider 軟件map,ped轉(zhuǎn)換成Arlequin格式

計(jì)算距離，轉(zhuǎn)換成矩陣，在splitstree中構(gòu)建進(jìn)化樹
格式為：
3
ABR 0 0.08517 0.0922
ANK 0.08517 0 0.07226
ARG 0.0922 0.07226 0

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