學(xué)習(xí)R包

１.鏡像設(shè)置

file.edit('~/.Rprofile')
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))#清華鏡像
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")#中科大鏡像
options()$repos
options()$BioC_mirror

1. Rstudio有兩個重要的配置文件：（Rstudio開啟運(yùn)行時先會查看配置文件）

• .Renviron 設(shè)置R的環(huán)境變量
• .Rprofile 一種代碼文件

2. options函數(shù)用于設(shè)置R運(yùn)行過程中的一些選項(xiàng)設(shè)置

２.安裝

1. make sure the reliability of your Internet
2. install．packages(" packagesName") 安裝的包來自CRAN網(wǎng)站
3. BiocManager::install("packages") 安裝的包來自Bioconductor

3. 加載

library(packagename) 和 require(packagename

#安裝加載三部曲
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")
library(dplyr)
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

4.dplyr五個基本函數(shù)

1. mutate()，新增列

mutate(test, New = c(1,2,3,4,5,6))

2. select()，按列篩選

select(test,1) #根據(jù)索引篩選
select(test,Sepal.Length) #根據(jù)列名篩選
select(test,c(1,5)) #借用向量，按多個索引篩選

3. filter()，按行篩選

filter(test, Species == "setosa")
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5)
filter(test, Species %in% c("Setosa","versicolor"))

4. arrange()，按某一列或某幾列對整個表格進(jìn)行排序

arrange(test, Sepal.Length)
arrange(test, desc(Sepal.Length))

5. summarise()，匯總

summarise(test,mean(Sepal.Length),sd(Sepal.Length))
group_by(test,Species)
summarise(group_by(test,Species),mean(Sepal.Length),sd(Sepal.Length))

5.dplyr兩個實(shí)用功能

1. 管道操作%>%(cmd/ctr + shift +M)

test %>% group_by(Species) %>% summarise(mean(Sepal.Length),sd(Sepal.Length))

2. count統(tǒng)計(jì)某列的unique值

count(test,Species)

6.dplyr處理關(guān)系數(shù)據(jù)

1. 內(nèi)連inner_join()

inner_join(test1, test2, by = "x") #取交集

2. 左連left_join()

left_join(test2, test1, by = 'x') #以左側(cè)第一個數(shù)據(jù)集的x為標(biāo)準(zhǔn)
left_join(test1, test2, by = 'x') #注意兩者結(jié)果并不相同

3. 全連full_join()

full_join(test1, test2, by = 'x') #取并集

4. 半連接semi_join()：

semi_join(test1, test2, by = 'x')
# 返回test1中有，test2中有，的test1中的元素

5. 反鏈接(anti_join)：

anti_join(test1, test2, by = 'x')
# 返回test1中有，test2中沒有沒有，的test1中的元素

6. 簡單合并

bind_rows(test1, test2) #合并行要求列數(shù)相同
bind_cols(test1, test2)#合并列要求行數(shù)相同

7. 備注

1. iris是內(nèi)置數(shù)據(jù)集
2. 加載任意一個tidyverse包即可用管道函數(shù)
3. base包中有簡單合并函數(shù)cbind() rbind()