導讀:將上調和下調pathway富集結果以雙向條形圖的形式在一張圖中展示,不僅優(yōu)化了繪圖空間,還通過對稱布局增強了圖片的美觀性。

《Cancer cell》文章“Cross-tissue human fibroblast atlas reveals myofibroblast subtypes with distinct roles in immune modulation”fig 2G的雙向條形圖展示了單細胞特定cluster中炎性和腫瘤成纖維細胞間差異基因的富集通路結果。上半部分的棕色條形表示在炎性細胞中上調的富集結果,下半部分的綠色條形表示在炎性細胞中下調(即在腫瘤成纖維細胞中上調)的Pathway富集結果。與傳統(tǒng)的單向條形圖相比,雙向條形圖通過在一張圖中展示正向(上調)和負向(下調)數(shù)據(jù),不僅優(yōu)化了繪圖空間的利用,還通過對稱的布局增強了圖表的美觀性,使得信息的展示更為高效和直觀。
1,打開作圖URL
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_left_right_bar_plot_100

2,示例數(shù)據(jù)
點擊圖片上方的示例數(shù)據(jù),下載,并使用excel打開。

示例數(shù)據(jù)包括兩部分:右側和左側
右側數(shù)據(jù)(即畫在上面的),以qvalue從小到大排序
第1列是pathway名字
第2列是qvalue值
左側數(shù)據(jù)(即畫在下面的),以qvalue從大到小排序
第1列是pathway名字
第2列是qvalue值
3,輸入檢查
示例數(shù)據(jù):點擊輸入框下面的“示例”按鈕,將載入示例數(shù)據(jù)。
真實數(shù)據(jù):數(shù)據(jù)放在excel中,調整好后,Ctrl+A選中數(shù)據(jù),Ctrl+C拷貝,Ctrl+V粘貼數(shù)據(jù)到輸入框中。
然后使用輸入框下面的“輸入檢查”按鈕先對輸入數(shù)據(jù)進行檢查。若檢查不通過,請根據(jù)檢查提示重復【修改-輸入檢查】步驟,直到檢查通過(如下圖所示),然后可以繼續(xù)選擇參數(shù)。

注:輸入檢查是新加功能,它會根據(jù)不同模塊的輸入要求,逐行逐列檢查輸入數(shù)據(jù),并給出提示,確保數(shù)據(jù)符合模塊輸入要求。
4,選擇參數(shù)

圖片大?。?/b>設置了圖片寬度,高度
顏色:設置了右側條形顏色和左側條形顏色
文字大小:設置了X軸數(shù)值刻度的文字大小,X軸說明文字的字體大小,Y軸pathway名字的字體大小,和圖例的字體大小
說明文字:設置了右側數(shù)據(jù)圖例說明和左側數(shù)據(jù)圖例說明及X軸的說明
條形高度:設置了條形的高度,越大條形越粗
數(shù)據(jù)是否轉換:提供了-log10(針對qvalue,pvalue等)和不轉換兩種選項。若選擇-log10轉換,則數(shù)據(jù)必須是qvalue、pvalue等,同時X軸的說明文字會自動添加-log10字樣
左側刻度是否變正:由于-log10(p)后是整數(shù),因此左側負的刻度需要變成正的,提供了變和不變兩種選項。文章中為左右兩側都是正值,這樣更嚴謹
字體:設置了期刊雜志中最常用的兩種字體:Times New Roman和Arial。如需使用其他字體,可以下載pdf或者svg圖片,然后使用acrobat illustrator進行編輯修改
5,提交出圖
檢查通過,并且參數(shù)選好后,點擊“提交”按鈕,約3s后,會在頁面上顯示左右雙向條形圖。我們提供了pdf、svg兩種矢量圖,png、tiff兩種標量圖供大家下載使用。可以使用acrobat illustrator等軟件編輯矢量圖,進行組圖,調整文字位置,添加說明等操作,以滿足個性化需求。

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