本地blast試運(yùn)行

Linux

由于服務(wù)器上已經(jīng)安裝有Blast+，所以就沒有安裝的步驟啦！
目的：將候選基因的ID轉(zhuǎn)換成另一參考基因組的ID
準(zhǔn)備文件：候選基因氨基酸序列--target.fasta；參考基因組氨基酸序列--reference.fa

cd /home02/qzy/zm/blast
#建數(shù)據(jù)庫
makeblastdb -in reference.fa -dbtype prot -parse_seqids -hash_index -out reference-prot-database
#將序列比對(duì)上數(shù)據(jù)庫
blastp -query target.fasta -db reference-prot-database -evalue 1e-3 -out blast.txt -outfmt 6 -num_alignments 10 -num_threads 4
blastp -query target.fasta -out blast.txt -db reference-prot-database  -num_threads 4  -evalue 1e-10 -best_hit_score_edge 0.05 -best_hit_overhang 0.25 -outfmt 7 -max_target_seqs 1

做比對(duì)的時(shí)候，兩種blastp都可以，第二種是輸出的最佳比對(duì)，只有一條。區(qū)別在于outfmt參數(shù)的設(shè)置

Windows

Windows環(huán)境中使用的是Cygwin，所以在windows下應(yīng)用本地blast也比較簡單，基本和linux一樣

# 切換到相應(yīng)目錄，這里我切換到D盤
cd D:
# 只需要修改最開始的命令makeblastdb為makeblastdb.exe
makeblastdb.exe -in target-database.fasta -dbtype prot -out target-database.db
blastp.exe -query my.fasta -out blast.out.xls -db target-database.db -evalue 1e-5 -outfmt 6

參考文章：
生信筆記的簡單易懂版
Blast輸出結(jié)果及解析
NCBI-本地Blast，這個(gè)現(xiàn)在還用不到，留著看
Warning: [blastp] Examining 5 or more matches is recommended 報(bào)錯(cuò)解決

最后編輯于 ：
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