基本數(shù)據(jù)庫
1. UCSC數(shù)據(jù)庫
網(wǎng)站：http://genome.ucsc.edu/index.html
簡介：UCSC數(shù)據(jù)庫給瀏覽基因組數(shù)據(jù)提供了可靠和迅速的方式；支持數(shù)據(jù)庫檢索和序列相似性搜索。其數(shù)據(jù)來源：約有一半的注釋信息是UCSC通過來自公開的序列數(shù)據(jù)計算得出，另一半來自世界各地的科學工作者。其本身并不下任何結論，而只是收集各種相關信息供用戶參考。
UCSC-BLAT
對于DNA序列，BLAT是用來設計尋找95%及以上相似至少40個堿基的序列。
對于蛋白序列，BLAT是用來設計尋找80%及以上相似至少20個氨基酸的序列。
用法:
--查找mRNA或蛋白在基因組中的位置
--決定基因外顯子的結構
--顯示全長基因的編碼區(qū)域
--分離一個物種自己的EST
--查找基因家族
--從其他物種中查找人類基因的同源物
UCSC-Table Browser
簡介：提供了訪問數(shù)據(jù)庫的便利入口；用文本形式來獲取存儲在Genome Browser數(shù)據(jù)庫中的基因組匯編和注釋數(shù)據(jù)。
功能：
為整個染色體或者一些特定的序列獲取DNA序列信息或者注釋信息。
用特定的條件對輸出結果進行篩選。
創(chuàng)建自己的路徑,并且在Genome Browser里可視化地顯示出來。整合多重查詢,并為其產(chǎn)生相關的輸出。
為選定的數(shù)據(jù)集提供基本的統(tǒng)計結果。
顯示一個數(shù)據(jù)表格的詳細情況，并且列出在數(shù)據(jù)庫中與其相關的所有表格。
根據(jù)其它應用程序和數(shù)據(jù)庫的要求,對輸出結果進行格式化。
UCSC-Gene Sorter
UCSC-Gene Sorter是一個用來開發(fā)基因家族和基因間關系的一個非常優(yōu)秀的資源。這個工具顯示了與所選基因組相關的其他基因組列表。
通過這個工具可以找到：蛋白水平的相似性，基因表達譜的相似性或者是基因組的相似性。
2. Roadmap webserver
網(wǎng)站：http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/
http://www.lidsen.com/journals/genetics/genetics-02-02-016)
表觀遺傳數(shù)據(jù)庫
Epigenomics http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/
MethDB http://www.methdb.de
MethyCancer http://methycancer.psych.ac.cn
PubMeth http://www.pubmeth.org
TCGA Data Portal https://tcga-data.nci.nih.gov/docs/publications/tcga/
ChromatinDB www.bioinformatics2.wsu.edu/ChromatinDB
GEO http://www.ncbi.nIm.nih.gov/geo
HEP http://www.epigenome.org/
ChromatinDB www.bioinformatics2.wsu.edu/ChromatinDB/
SysPTM http://www.biosino.org.cn/SysPTM/
1. 常用表觀遺傳數(shù)據(jù)庫
1.1 Epigenomics http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/
NIH Roadmap Epigenomics
Epigenomics是NIH Roadmap Epigenomics的重要組成部分，有利于不同表觀基因組研究機構之間的信息共享，促進了當前各方面的表觀遺傳研究。
Epigenomics是當前較為全面的表觀基因組數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫提供了DNA甲基化、組蛋白修飾等各種全基因組尺度的表觀基因組數(shù)據(jù)的存儲、下載、可視化等功能。
1.2 HEP http://www.epigenome.org/
人類表觀基因組協(xié)會(Human Epigenome Con-sortium，HEC； http://www.epigenome.org,)于2003年10月正式宣布開始投資和 實施人類表觀基因組計劃(Human Epigenome Project，HEP)。
? HEP的提出和實施，標志著與人類發(fā)育和腫瘤疾病密切 相關的表觀遺傳學(epigenetic)和表觀基因組(epige-nome) 研究又跨上了一個新的臺階。
? HEP不僅可進一步完善人 類基因組注釋，而且對于進一步了解人類發(fā)育機制本質， 探尋與人類發(fā)育和腫瘤疾病相關的表觀遺傳學機制具有 重要而深遠的實用價值。
? HEP開發(fā)出了專用于瀏覽MVP數(shù)據(jù)的在線瀏覽器—— MVP Viewer(http://www.sanger.ac.uk/PostGenomics/epigenome/)。
? MVP Viewer的功能：
? 瀏覽MVP數(shù)據(jù)的在線瀏覽與分析工具；
? 將MVP數(shù)據(jù)與已有的基因組注釋相互整合，它已經(jīng)是 EMBL的Ensembl GenomeBrowser的一部分，除了DNA甲 基化數(shù)據(jù)，還包括染色體坐標(chromosome coordinate)、 CpG島、SNP轉錄信息。
2. 甲基化（Methylation source）
2.1 MethDB http://www.methdb.de
2.2 PubMeth http://www.pubmeth.org
PubMeth: reviewed methylation database in cancer
2.3 DiseaseMeth http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/diseasemeth
Currently, DiseaseMeth includes 175 datasets which are extracted from Methylation arrays and sequencing datasets and 14530 entries of scattered aberrant methylation information(72 diseases). DiseaseMeth supports analysis and visualization of these datasets, download for further analysis .
目前，disease emeth包括175個從甲基化陣列和測序數(shù)據(jù)集中提取的數(shù)據(jù)集和14530個分散異常甲基化信息條目(72種疾病)。disease emeth支持這些數(shù)據(jù)集的分析和可視化，請下載以進一步分析。
3. 組蛋白修飾 Histone Modification Source
3.1 The Histone Infobase（HIstome） http://www.actrec.gov.in/histome/
The database covers 5 types of histones, 8 types of their post-translational modifications and 13 classes of modifying enzymes.
Current version contains information for about ~50 histone proteins and ~150 histone modifying enzymes.
Additionally, this database also provides sequences of promoter regions (-700 TSS +300) for all gene entries.
Sites of post-translational modifications of histones were manually searched from PubMed listed literature.
該數(shù)據(jù)庫包括5種組蛋白，8種組蛋白翻譯后修飾和13種修飾酶。
當前版本包含大約50個組蛋白和150個組蛋白修飾酶的信息。
此外，該數(shù)據(jù)庫還提供了所有基因條目的啟動子區(qū)序列(-700 TSS +300)。
從PubMed列出的文獻中手工搜索組蛋白翻譯后修飾的位點。
3.2 Human histone Modification database(HHMD) http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/hhmd/
The current release of HHMD incorporates 43 location specific histone modifications in human.
We also provide a comprehensive resource of histone modification regulation in 9 human cancer types.
We developed HisModView to facilitate the users to browse histone modifications in the context of existing human genomic annotations.
All Histone modifications can be searched by gene ID, cancer name, histone modification or chromosome location.
目前釋放的HHMD包含43個位置?在人的特定組蛋白修飾。
我們還提供了9種人類癌癥類型的組蛋白修飾調控的綜合資源。
我們開發(fā)了HisModView，以方便用戶在現(xiàn)有人類基因組注釋的背景下瀏覽組蛋白修改。
所有組蛋白修飾都可以通過基因ID、癌癥名稱、組蛋白修飾或染色體位置進行搜索。
4. Noncoding RNA source
4.1 miRBase (microRNA source) http://www.mirbase.org/
Release 20 of the database contains 24521 entries representing hairpin precursor miRNAs, expressing 30424 mature miRNA products, in 206 species.
該數(shù)據(jù)庫的第20版包含24521個條目，代表發(fā)夾前體miRNA，表達206個物種中30424個成熟miRNA產(chǎn)物。
4.2 miRWalk2 (miRNA target source) http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/
4.3 miR2Disease http://www.mir2disease.org/
4.4 The human microRNA disease database (HMDD) http://202.38.126.151/hmdd/mirna/md/
4.5 Mir2subpathway
4.6 Transcriptional factor and miRNA regulatory cascade http://210.46.85.180:8080/TMREC/
4.7 Lncrna db http://www.mir2disease.org/
The database currently contains over 150 lncRNAs identified from the literature in around 60 different species.
該數(shù)據(jù)庫目前包含了從60個不同物種的文獻中鑒定出來的150多個lncrna。
4.8 TheLncRNA and Disease Database http://202.38.126.151/hmdd/html/tools/lncrnadisease.html
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2022-01-18 初次筆記整理自（https://mp.weixin.qq.com/s/1XDReCCcrav8NERsCTtxhQ）
