1.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備：HIFI數(shù)據(jù)（bam轉(zhuǎn)換成fa或fq均可）和HIC數(shù)據(jù)

2.軟件準(zhǔn)備

Hifasm、seqkit（均可以通過conda安裝）

3.運(yùn)行代碼拆分

對(duì)于二倍體，結(jié)合HiC數(shù)據(jù)拆單倍體成功率還是挺高的，相對(duì)也比較準(zhǔn)確，建議首先使用該方法嘗試組裝：目前組裝的還是contig水平還未掛載至染色體水平

bsub-Jhifiasm-n20-Rspan[hosts=1]-o%J.out-e%J.err-qsmp"hifiasm-oloach.asm.hic-t10--h1hic_R1.fastq.gz--h2hic_R2.fastq.gzhifi_reads.fq"

-o輸出單倍型的名稱，自己決定；我用的loach.asm.hic意思是hifiasm使用hic拆分的泥鰍單倍型--h1和--h2分別是HiC數(shù)據(jù)的雙端

結(jié)果中主要查看loach.asm.hic.hap1.p_ctg.gfa和loach.asm.hic.hap2.p_ctg.gfa兩個(gè)文件

分析單倍型hap1和hap2的大小是否符合預(yù)期；本人拆分了二倍體的泥鰍，大鱗副泥鰍和兩種螺螄的單倍型，效果不錯(cuò)。但是同源多倍體的效果不是很理想；異源多倍體還未嘗試。。。

4.轉(zhuǎn)換gfa格式為fa格式

awk'/^S/{print">"$2;print$3}'hap1.p_ctg.gfa?>?hap1.p_ctg.fa

5.seqkit查看初次組裝的單倍型基因組基本信息

bsub-Jhifiasm-n20-Rspan[hosts=1]-o%J.out-e%J.err-qsmp"seqkitstats-aloach.asm.p_ctg.fa"

查看num_seqs,N50即可

至此可以拆分出初步的單倍型基因組；后續(xù)將contig掛載至染色體上。。。