SCENIC主要用于基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的重建和細(xì)胞狀態(tài)的鑒定。

（a）使用GENIE3或GRNBoost推斷轉(zhuǎn)錄因子與候選靶基因之間的共表達(dá)模塊。RcisTarget可識(shí)別那些調(diào)節(jié)子的結(jié)合基序在目標(biāo)基因中顯著富集的模塊。并創(chuàng)建僅具有直接target的調(diào)節(jié)單元。AUCell對(duì)每個(gè)細(xì)胞中每個(gè)調(diào)節(jié)單元的活性進(jìn)行評(píng)分，從而產(chǎn)生活性矩陣。細(xì)胞狀態(tài)基于調(diào)節(jié)子網(wǎng)絡(luò)的共有的活性。（b）SCENIC在小鼠大腦數(shù)據(jù)上的結(jié)果; 聚類標(biāo)簽的顏色對(duì)應(yīng)主調(diào)節(jié)子。（c）顯示了文獻(xiàn)（A）證實(shí)的轉(zhuǎn)錄因子或具有MGI（B）的腦表型的轉(zhuǎn)錄因子，以及豐富的DNA基序。（d）活性矩陣上得到的t-SNE。每個(gè)細(xì)胞標(biāo)記了最活躍的基因調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)的顏色。（e）此數(shù)據(jù)集上不同聚類方法的準(zhǔn)確性。
原文：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5937676/

SCENIC在R中實(shí)現(xiàn)基于三個(gè)R包：
1.GENIE3：推斷基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)
2.RcisTarget：用于分析轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合motif
3.AUCell：用于鑒定scRNA-seq數(shù)據(jù)中具有活性基因集（基因網(wǎng)絡(luò)）的細(xì)胞

SCENIC的安裝參考：安裝
（未完待續(xù)）