作為一個腫瘤科的小主治來說，數(shù)據(jù)挖掘是一個不錯的選擇，在看了很多文章后，我發(fā)現(xiàn)，基本上所有的腫瘤生信文章中，不可避免的都有免疫分析，在分析的過程中，會將樣本進行分組，預(yù)后差的亞組如果具有較高的免疫浸潤的評分，那這時候，很多就會往免疫逃逸中進行講解，從哪些角度分析去解析免疫逃逸呢？

1、TIDE分析

該分析是一個非常重要的選擇，我們要注意一點TIDE評分越高，發(fā)生免疫逃逸的可能性就越大，那么該亞組的患者在免疫治療的過程中受益的可能性就越小。

2、Treg細胞一些marker基因的表達

從免疫耗竭的角度出發(fā)，其中最具代表意義的marker基因就是Treg細胞的一些marker基因，比如說Foxp3基因

那怎么做TIDE分析呢？這里看一個在線工具

TIDE分析 - 生信豆芽菜 - 專門做分析的生信平臺. (sxdyc.com)

TIDE代表腫瘤免疫功能障礙和排斥，用于評估腫瘤樣本基因表達譜中腫瘤免疫逃逸的可能性。該工具主要有以下功能模塊：預(yù)測反應(yīng)（Predict Response）：為每個腫瘤樣本計算的TIDE評分可以作為替代生物標記物，預(yù)測對免疫檢查點阻斷的反應(yīng)，包括黑色素瘤和NSCLC的抗PD1和抗CTLA4。查詢基因（Query Gene）：潮汐信號中得分較高的基因也顯示了腫瘤免疫逃逸和癌癥免疫治療抵抗的潛在調(diào)節(jié)因子（Signatures of T cell dysfunction and exclusion predict cancer immunotherapy response）

主要上傳一個表達譜矩陣，其中行為基因，列為樣本，記得上傳的矩陣數(shù)據(jù)，一定要是蛋白編碼的基因，差不多1-2w的基因，可以做一些過濾去除一些基因，基因太少不利于相關(guān)的分析，這個很重要。

其他的參數(shù)就正常按照自己的需求進行選擇即可。

默認TIDE的分析一定要做scale，如果你已經(jīng)提前做好了，直接就選擇no。這一步操作還是比較人性化的。

同時他們提供給了一個專門用于TIDE分析可視化的一個工具

這里有一個bug，在繪制熱圖的指標中，新運行生成的TIDE結(jié)果中，TAM M2的列名是改成了TAM.M2，所以在填寫該參數(shù)時，需要看一眼TIDE分析的結(jié)果，列名不能錯，不然會報錯的。