學(xué)習(xí)OrthoFinder之前，先學(xué)習(xí)了一些基因家族的知識(shí)，基因家族的文章是很有意(guan)義(shui)的。
基因家族，是來源于同一個(gè)祖先，由一個(gè)基因通過基因重復(fù)而產(chǎn)生兩個(gè)或更多的拷貝而構(gòu)成的一組基因，它們?cè)诮Y(jié)構(gòu)和功能上具有明顯的相似性，編碼相似的蛋白質(zhì)產(chǎn)物。
基因家族可以做什么：系統(tǒng)進(jìn)化分析；物種分歧時(shí)間估算；基因家族擴(kuò)增/收縮分析；
OrthoFinder官方教程可以在github上面看到?https://davidemms.github.io/
OrthoFinder提供了三種安裝方式
1、wget https://github.com/davidemms/OrthoFinder/releases/latest/download/OrthoFinder.tar.gz 以后tar解壓直接可以用
2、conda install
3、docker
OrthoFinder is a fast, accurate and comprehensive platform for comparative genomics. It finds?orthogroups?and?orthologs, infers?rooted gene trees?for all orthogroups and identifies all of the?gene duplication events?in those gene trees. It also infers a?rooted species tree?for the species being analysed and maps the gene duplication events from the gene trees to branches in the species tree.?
OrthoFinder的input data只需要提供蛋白序列就可以了，而且還可以建樹
最后引用作者的兩篇文章
