blastn
makeblastdb -in a.fasta -dbtype nucl -out a_db #建立參考核苷酸序列索引
blastn -query b.fasta -db a_db -evalue 1e-10 -outfmt 6 -max_target_seqs 6 -out result #-evalue為閾值，-outfmt為輸出格式，-max_target_seqs為最大匹配基因?qū)€(gè)數(shù)
blastp
makeblastdb -in a.fasta -dbtype prot -out a_db #建參考蛋白序列索引
blastp -query b.fasta -db a_db -evalue 1e-10 -outfmt 6 -out result -max_target_seqs 6 #比對(duì)分析
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