注意，這里是tex不是text!
寫在前面：
TEXshade是一個比對著色修飾的宏包，這個包是用TEX/LATEX（ LaTeX 作者 Lamport 的前兩個字母）寫的，重點都是TEX，故而需要預先安裝LATEX 編譯系統(tǒng)和LATEX 文本編輯器來配合使用，在MacOS里，推薦的LATEX 編譯系統(tǒng)是
MacTeX, 推薦的LATEX 文本編輯器是TEXMAKER
- 關于
LATEX的基礎知識可以參考ucasthesis宏包 國科大學位論文 LaTeX 模板ucasthesis宏包如同ctex，是LATEX命令集
- Uninstalling
MacTeX - The Most Frequently Asked Questions on MacTex FAQ
- texshade – Package for setting nucleotide and peptide alignments
-
CTEX 是一個關于TEX 的中文網(wǎng)站，CTEX 是中文(Chinese)TEX 的縮寫；CTeX 套裝是指一個 CTeX 社區(qū)發(fā)布的、基于發(fā)型版 MikTeX 重新打包的、包含商業(yè)付費編輯器 WinEdt 的、僅支持 Windows 系統(tǒng)的 TeX 發(fā)行版
以下引用的基礎概念問題解答摘自 CTEX : CTeXFAQ
- 什么是TEX？
電子排版系統(tǒng)的出現(xiàn)給印刷出版業(yè)帶來了一場革命，利用電子計算機及各種輔助設備，可以完成從文
稿、圖表的錄入、編輯、修改、組版，直至得到各種不同用途、不同質量的輸出結果。利用電子排版系統(tǒng)，可
以減輕勞動強度，縮短出版周期。目前世界上有許多電子排版系統(tǒng)。這些系統(tǒng)各有特點，也各有自己的適用
范圍。TEX 就是一種優(yōu)秀的電子排版系統(tǒng)。
TEX 提供了一套功能強大并且十分靈活的排版語言，它多達900 多條指令，并且TEX 有宏功能，用戶可
以不斷地定義自己適用的新命令來擴展TEX 系統(tǒng)的功能。許多人利用TEX 提供的宏定義功能對TEX 進行了
二次開發(fā)，其中比較著名的有美國數(shù)學學會推薦的非常適合于數(shù)學家使用的AMS-TEX 以及適合于一般文
章、報告、書籍的LATEX 系統(tǒng)。
TEX 系統(tǒng)是公認的數(shù)學公式排得最好的系統(tǒng)。美國數(shù)學學會(AMS) 鼓勵數(shù)學家們使用TEX 系統(tǒng)向它的
期刊投稿。世界上許多一流的出版社如Kluwer、Addison-Wesley、牛津大學出版社等也利用TEX 系統(tǒng)出版
書籍和期刊。
大部分的TEX 系統(tǒng)都是免費的。Knuth 教授還公開了他的全部源程序。TEX 系統(tǒng)目前已經(jīng)在數(shù)百種計
算機系統(tǒng)上得到實現(xiàn)。TEX 系統(tǒng)的排版結果DVI (DeVice Independent) 文件與輸出設備無關。DVI 文件可
以顯示、打印、照排，幾乎可以在所有的輸出設備上輸出。TEX 排版源文件及結果在各種計算機系統(tǒng)上互相
兼容。- LATEX 是什么？
Leslie Lamport 開發(fā)的LATEX 是當今世界上最流行和使用最為廣泛的TEX 宏集。它構筑在Plain TEX 的
基礎之上，并加進了很多的功能以使得使用者可以更為方便的利用TEX 的強大功能。使用LATEX 基本上不需
要使用者自己設計命令和宏等，因為LATEX 已經(jīng)替你做好了。因此，即使使用者并不是很了解TEX，也可以
在短短的時間內生成高質量的文檔。對于生成復雜的數(shù)學公式，LATEX 表現(xiàn)的更為出色。
LATEX 自從八十年代初問世以來，也在不斷的發(fā)展。最初的正式版本為2.09，在經(jīng)過幾年的發(fā)展之后，許
多新的功能，機制被引入到LATEX 中。在享受這些新功能帶來的便利的同時，它所伴隨的副作用也開始顯現(xiàn)，
這就是不兼容性。標準的LATEX 2.09，引入了“新字體選擇框架”(NFSS) 的LATEX，SLiTEX，AMS-LATEX 等
等，相互之間并不兼容。這給使用者和維護者都帶來很大的麻煩。為結束這中糟糕的狀況，F(xiàn)rank Mittelbach
等人成立了LATEX3 項目小組，目標是建立一個最優(yōu)的，有效的，統(tǒng)一的，標準的命令集合。即得到LATEX 的
一個新版本3。這是一個長期目標，向這個目標邁出第一步就是在1994 年發(fā)布的LATEX2"。LATEX2" 采用了
NFSS 作為標準，加入了很多新的功能，同時還兼容舊的LATEX 2.09。LATEX2" 每6 個月更新一次，修正發(fā)現(xiàn)
的錯誤并加入一些新的功能。在LATEX3 最終完成之前，LATEX2" 將是標準的LATEX 版本。- TEX 和LATEX 是什么關系？
LATEX 是TEX 中的一種格式(format) ，是建立在TEX 基礎上的宏語言，也就是說，每一個LATEX 命令實
際上最后都會被轉換解釋成幾個甚至上百個TEX 命令。但是，普通用戶可以無需知道這中間的復雜聯(lián)系。就
象編程的時候如果使用一些已經(jīng)編譯好的函數(shù)庫和模板可以使我們僅僅用幾個命令就實現(xiàn)很多功能一樣，
LATEX 根據(jù)人們排版文章的習慣，定義了許多命令和模板，通過這些命令和模板，我們可以很快的得到漂亮
的排版結果- MiKTEX、fpTEX、teTEX、CTEX 又是什么關系？
TEX 在不同的硬件和操作系統(tǒng)上有不同的實現(xiàn)版本。這就像C 語言，在不同的操作系統(tǒng)中有不同的編譯
系統(tǒng)，例如Linux 下的gcc，Windows 下的Visual C++ 等。有時，一種操作系統(tǒng)里也會有好幾種的TEX 系
統(tǒng)。目前常見的Unix/Linux 下的TEX 系統(tǒng)是teTEX，Windows 下則有MiKTEX 和fpTEX。CTEX 指的是
CTEX 中文套裝的簡稱，是把MiKTEX 和一些常用的相關工具，如GSview，WinEdt 等包裝在一起制作的一
個簡易安裝程序，并對其中的中文支持部分進行了配置，使得安裝后馬上就可以使用中文。- 什么是CTAN ？
CTAN 是英文Comprehensive TEX Archive Network 的首字母縮寫，直譯成中文就是綜合TEX 文件網(wǎng)
絡，它包含有三個主服務器和幾十個鏡像服務器，以FTP 和WWW方式向所有的TEX 用戶提供文件服務。
CTAN 可以說幾乎收羅了世界上所有的TEX 相關軟件、文檔，并保證不斷更新。你可以訪問
http://www.ctan.org
以下是重點：
下載好了TEXshade包以及安裝了MacTeX、TEXMAKER之后，需要編譯TEXshade
user@LaBelleVie:/Applications/TEX/texshade$ tex texshade.ins
This is TeX, Version 3.14159265 (TeX Live 2020) (preloaded format=tex)
(./texshade.ins (/usr/local/texlive/2020/texmf-dist/tex/latex/base/docstrip.tex
Utility: `docstrip' 2.5g <2018/05/03>
English documentation <2018/05/03>
**********************************************************
* This program converts documented macro-files into fast *
* loadable files by stripping off (nearly) all comments! *
**********************************************************
********************************************************
* No Configuration file found, using default settings. *
********************************************************
(./texshade.ins
Generating file(s) texshade.sty
Processing file texshade.dtx (texshade) -> texshade.sty
File texshade.dtx ended by \endinput.
Lines processed: 24046
Comments removed: 6460
Comments passed: 83
Codelines passed: 17477
Generating file(s) texshade.def AQPDNA.MSF AQPpro.MSF AQP2spec.ALN AQP1.top AQP
1.phd AQP_HMM.sgl AQP_HMM.ext AQP_TC.asc standard.cod ciliate.cod
Processing file texshade.dtx (definitions) -> texshade.def
(AQPDNA) -> AQPDNA.MSF
(AQPpro) -> AQPpro.MSF
(AQP2spec) -> AQP2spec.ALN
(AQP1topo) -> AQP1.top
(AQP1PHD) -> AQP1.phd
(AQPHMMsgl) -> AQP_HMM.sgl
(AQPHMMext) -> AQP_HMM.ext
(TCoffee) -> AQP_TC.asc
(Standard) -> standard.cod
(Ciliate) -> ciliate.cod
File texshade.dtx ended by \endinput.
Lines processed: 24046
Comments removed: 6460
Comments passed: 83
Codelines passed: 17477
**************************************************************
*
* !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
* !!! Have you used a docstrip version 2.4 or later?
* !!!
* !!! IF NOT GO AND GET A RECENT VERSION!
* !!!
* !!! The documentation will not run through TeX with
* !!! your files extracted by an old docstrip version!
* !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
*
* To finish the installation you have to move the following
* files into a directory searched by LaTeX:
*
* texshade.sty
* texshade.def
* standard.cod
* ciliate.cod
*
* To produce the documentation run the following file twice
* through LaTeX:
*
* texshade.dtx
*
* Make sure that the following files are present in the same
* directory as texshade.dtx (needed for texing the doc):
*
* AQPDNA.MSF
* AQPpro.MSF
* APQ2spec.ALN
* AQP1.top
* APQ1.phd
*
* Happy TeXing!
*
**************************************************************
)
Overall statistics:
Files processed: 2
Lines processed: 48092
Comments removed: 12920
Comments passed: 166
Codelines passed: 34954
) )
No pages of output.
Transcript written on texshade.log.
user@LaBelleVie:/Applications/TEX/texshade$ ll
total 5184
-rw-r--r-- 1 staff 92K 15 Jul 15:10 AQP1.phd
-rw-r--r-- 1 staff 582B 15 Jul 15:10 AQP1.top
-rw-r--r-- 1 staff 638B 15 Jul 15:10 AQP2spec.ALN
-rw-r--r-- 1 staff 7.5K 15 Jul 15:10 AQPDNA.MSF
-rw-r--r-- 1 staff 5.0K 15 Jul 15:10 AQP_HMM.ext
-rw-r--r-- 1 staff 471B 15 Jul 15:10 AQP_HMM.sgl
-rw-r--r-- 1 staff 3.1K 15 Jul 15:10 AQP_TC.asc
-rw-r--r-- 1 staff 2.8K 15 Jul 15:10 AQPpro.MSF
-rw-rw-r--@ 1 staff 6.2K 17 Jan 2018 README
-rw-r--r-- 1 staff 1.3K 15 Jul 15:10 ciliate.cod
-rw-r--r-- 1 staff 1.6K 15 Jul 15:10 standard.cod
-rw-r--r-- 1 staff 12K 15 Jul 15:10 texshade.def
-rw-rw-r--@ 1 staff 1000 17 Jan 2018 texshade.dtx
-rw-rw-r--@ 1 staff 2.3K 13 May 2011 texshade.ins
-rw-r--r-- 1 staff 3.5K 15 Jul 15:10 texshade.log
-rw-rw-r--@ 1 staff 611K 17 Jan 2018 texshade.pdf
-rw-r--r-- 1 staff 614K 15 Jul 15:10 texshade.sty
-rw-r--r-- 1 staff 8B 14 Jul 18:03 tsfaq.aux
-rw-r--r-- 1 staff 3.5K 14 Jul 18:03 tsfaq.log
-rw-rw-r--@ 1 staff 92K 14 Jul 18:03 tsfaq.pdf
-rw-r--r-- 1 staff 36K 14 Jul 18:03 tsfaq.synctex.gz
-rw-rw-r--@ 1 staff 14K 14 Jul 18:03 tsfaq.tex
記住是用tex編譯
配置好*.tex文件后直接用TEXMAKER打開，然后調整細節(jié)就可以輸出pdf的結果，這里會調用texshade的哦，注意比對的文件一定要放在一個文件夾
image.png
如果想要更炫的效果，可以多閱讀texshade.pdf實現(xiàn)更多功能
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