OHIF-Viewer 系統(tǒng)搭建過程

OHIF (Open Health Image Foundation)
https://ohif.org

重要

本文只適合初級小白閱讀(就是那種小白中的戰(zhàn)斗機(jī)類型),內(nèi)容很口水,稍微懂點(diǎn)的建議直接劃走,不要浪費(fèi)您寶貴時(shí)間試圖在本文中找到什么有價(jià)值的信息,我寫這篇文章的初衷也不是為了幫助小白科普,完全是為了給自己做備忘,畢竟已經(jīng)開始老年癡呆,如果不記錄下來,幾天后就會全部忘光了。

基本術(shù)語

Study (研究)

其實(shí)就是一次拍攝;

Series(序列)

本次拍攝中的多個(gè)片子(比如一個(gè)腦CT片子,假設(shè)要切100片,每片都是一張圖片,這100片都在同一個(gè)series中)

Instance(實(shí)例)

一張具體的圖片,就是上面說的那100片中的1片;

DICOM 文件規(guī)范

若有余力,可前往 https://www.dicomstandard.org/current/ 閱讀DICOM規(guī)范,畢竟要開始做一個(gè) dcm 文件閱讀器來忽悠老板和客戶了,多少需要了解一些相關(guān)的基礎(chǔ)知識;

OHIF Viewer

基于cornerstone(JS) + React 前端框架構(gòu)建,提供了功能完善的醫(yī)學(xué)影像顯示及閱讀功能;OHIF-Viewer是開源系統(tǒng)。
conerstoen 框架系統(tǒng)在整個(gè)世界來看也是排名最靠前的系統(tǒng),而OHIFViewer是眾多基于conerstone框架完美實(shí)現(xiàn)的前端案例之一;

OHIFViewer支持多種查看影像文件的方式,影像文件的格式為 *.dcm,dcm文件保存在PACS系統(tǒng)或自建的云服務(wù)器中(例如阿里云的OSS對象存儲等)

方式1:

OHIFViewer與PACS系統(tǒng)建立關(guān)聯(lián),然后就可以通過指定 Study Instance UID的方式查看影像,例如:

http://localhost:3000/viewer/1.2.826.0.1.3680043.8.1055.1.20111102150758591.92402465.76095170

在上面的URL中,viewer/ 后面的一大堆數(shù)字就是 Study Instance UID。

方式2:

使用DicomJson來描述dcm文件的信息(影像類型 、參數(shù)、文件路徑等),DicomJson就是一個(gè)Json文件,可以保存在任何可以被網(wǎng)絡(luò)訪問到地方。
OHIFViewer通過指定這個(gè)Json文件來查看影像,例如:

http://localhost:3000/viewer/?url=https://ohif-dicom-json-example.s3.amazonaws.com/LIDC-IDRI-0001.json

在上面的URL中,viewer/?url= 后面的內(nèi)容就是這個(gè)json文件的網(wǎng)絡(luò)地址;

搭建PACS,并與OHIFViewer建立關(guān)聯(lián)(方式1)

在OHIF-Viewer 的官方文檔中提供了2個(gè)PACS系統(tǒng)的搭建幫助,一個(gè)是Orthanc,一個(gè)是dcm4chee。詳情參見官方文檔:

https://v3-docs.ohif.org/configuration/dataSources/dicom-web

本文中列舉的是dcm4chee,
請打開下面的內(nèi)容仔細(xì)閱讀,并按照文檔中的命令逐條執(zhí)行,不要跳躍或亂序。
https://github.com/dcm4che/dcm4chee-arc-light/wiki/Run-minimum-set-of-archive-services-on-a-single-host

一共有7個(gè)步驟,前4個(gè)是關(guān)鍵步驟,以下僅做簡要的摘抄,用于記錄線索。

Use Docker Command Line

  1. Create an user-defined bridge network
$ docker network create dcm4chee_network
  1. Start OpenLDAP Server

Launch a container providing the LDAP server into the created network, e.g:

$ docker run --network=dcm4chee_network --name ldap \
           -p 389:389 \
           -v /var/local/dcm4chee-arc/ldap:/var/lib/openldap/openldap-data \
           -v /var/local/dcm4chee-arc/slapd.d:/etc/openldap/slapd.d \
           -d dcm4che/slapd-dcm4chee:2.6.3-29.2
  1. Start PostgreSQL Server

Launch a container providing the database server into the created network, e.g:

$ docker run --network=dcm4chee_network --name db \
           -p 5432:5432 \
           -e POSTGRES_DB=pacsdb \
           -e POSTGRES_USER=pacs \
           -e POSTGRES_PASSWORD=pacs \
           -v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \
           -v /etc/timezone:/etc/timezone:ro \
           -v /var/local/dcm4chee-arc/db:/var/lib/postgresql/data \
           -d dcm4che/postgres-dcm4chee:14.5-29
  1. Start Wildfly with deployed dcm4che Archive 5 application

Launch a container providing Wildfly with deployed dcm4che Archive 5 application into the created network, e.g:

$ docker run --network=dcm4chee_network --name arc \
           -p 8080:8080 \
           -p 8443:8443 \
           -p 9990:9990 \
           -p 9993:9993 \
           -p 11112:11112 \
           -p 2762:2762 \
           -p 2575:2575 \
           -p 12575:12575 \
           -e POSTGRES_DB=pacsdb \
           -e POSTGRES_USER=pacs \
           -e POSTGRES_PASSWORD=pacs \
           -e WILDFLY_WAIT_FOR="ldap:389 db:5432" \
           -v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \
           -v /etc/timezone:/etc/timezone:ro \
           -v /var/local/dcm4chee-arc/wildfly:/opt/wildfly/standalone \
           -d dcm4che/dcm4chee-arc-psql:5.29.2

其他

dwv 是另外一個(gè)膾炙人口的醫(yī)學(xué)影像處理框架,也是基于JS的:
https://ivmartel.github.io/dwv/doc/stable/tutorial-architecture.html

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